조합원입주권을 승계취득했는데 실거주를 안 했다면? — 1세대 1주택 비과세 거주요건

1. 질문

안녕하세요. 재개발 조합원입주권을 승계취득한 경우 1세대 1주택 비과세 적용 여부에 대해 문의드립니다.

 

[현 상황]

• (2017.06.) 재개발 조합원입주권을 매매계약으로 승계취득, 취득 당시 무주택 세대
• (2017.08.02. 이후) 해당 지역 조정대상지역 지정
• (2022~2023년) 조합원 분양계약에 따른 추가부담금 납부
• 신축주택 완공 후 임대하였으며 실거주한 사실은 없음 (현재 1세대 1주택)

[문의사항]

① 위 사실관계에서 신축주택 양도 시 1세대 1주택 비과세 적용이 가능한지요?

② 만약 비과세가 적용되지 않는다면 양도차익 전체가 과세대상인지, 아니면 입주권 취득가액(권리가액)과 추가부담금에 대응하는 신축주택 가치상승분을 구분하여 일부만 과세되는 것인지 궁금합니다. (예: 2017년 납부한 권리가액분과 2022년 분담금분을 구분)

2. 사실관계 요약 및 쟁점들

사실관계 요약

2017.06.	재개발 조합원입주권을 매매계약으로 승계취득(승계조합원), 취득 당시 무주택 세대
2017.08.02. 이후	해당 지역 조정대상지역 지정·공고
2022~2023년	조합원 분양계약에 따른 추가부담금(분담금) 납부
완공 이후	신축주택 임대 중, 실거주 사실 없음, 현재 1세대 1주택

쟁점 정리

• 쟁점 ① 승계조합원이 취득하는 신축주택의 취득시기는 언제인가? (입주권 취득일인가, 신축주택 완공일인가) — 거주요건 적용 여부를 가르는 "취득 당시 조정대상지역" 판단 기준일이 됩니다.
• 쟁점 ② 신축주택 취득 당시 조정대상지역에 해당하더라도, 조정대상지역 공고일 이전에 무주택 세대가 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우의 거주요건 배제 규정(소득세법 시행령 제154조 제1항 제5호)이 조합원입주권 매매계약에도 적용되는가?
• 쟁점 ③ 비과세가 적용되지 않는 경우, 권리가액분(2017년)과 추가분담금분(2022~2023년)의 가치상승분을 구분하여 일부만 과세하는 것이 가능한가? 이 경우 취득가액과 장기보유특별공제는 어떻게 계산되는가?

3. 쟁점별 관련 법령

쟁점 ① 관련 — 신축주택의 취득시기

소득세법 제98조(양도 또는 취득의 시기)

자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다.

 

소득세법 시행령 제162조(양도 또는 취득의 시기) 제1항 제8호

완성 또는 확정되지 아니한 자산을 양도 또는 취득한 경우로서 해당 자산의 대금을 청산한 날까지 그 목적물이 완성 또는 확정되지 아니한 경우에는 그 목적물이 완성 또는 확정된 날. 이 경우 건설 중인 건물의 완성된 날에 관하여는 제4호를 준용한다.

 

같은 항 제4호(준용)

자기가 건설한 건축물에 있어서는 「건축법」 제22조제2항에 따른 사용승인서 교부일. 다만, 사용승인서 교부일 전에 사실상 사용하거나 같은 조 제3항제2호에 따른 임시사용승인을 받은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인을 받은 날 중 빠른 날(이하 생략)

 

쟁점 ② 관련 — 1세대 1주택 비과세 거주요건과 그 예외

 

소득세법 제89조 제1항 제3호 가목

1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택(양도 당시 실지거래가액 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외)의 양도소득에 대해서는 양도소득세를 과세하지 아니한다.

 

소득세법 시행령 제154조(1세대 1주택의 범위) 제1항 본문

"대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년 이상인 것 [취득 당시에 「주택법」 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것] 을 말한다. 다만, (중략) 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.

 

같은 항 제5호 (거주요건 배제)

거주자가 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우로서 해당 거주자가 속한 1세대가 계약금 지급일 현재 주택을 보유하지 아니하는 경우

 

소득세법 시행령 제154조 제5항·제6항

⑤ 제1항에 따른 보유기간의 계산은 법 제95조제4항에 따른다(취득일부터 양도일까지). ⑥ 제1항에 따른 거주기간은 주민등록표 등본에 따른 전입일부터 전출일까지의 기간으로 한다.

 

관련 해석 사례

• 기획재정부 재산세제과-1422, 2022.11.14. : 조정대상지역 공고일 이전에 무주택자가 「도시 및 주거환경정비법」상 재개발사업의 조합원입주권을 매매계약으로 취득한 경우 거주요건을 적용하지 않음(2안 타당). 본 사안과 사실관계가 직접 일치하는 정면 예규입니다.
• 국세청 서면-2022-법규재산-3135, 2022.12.21. : 사업계획승인 받은 지역주택조합 조합원의 신규주택을 취득할 수 있는 권리를 조정대상지역 공고 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급하여 승계취득한 경우 — 1세대 1주택 비과세의 거주요건을 적용하지 않음. (지역주택조합 사안이나, "주택이 아닌 권리의 매매계약도 제5호의 매매계약으로 인정한다"는 동일 법리를 확인한 사례. 재개발 입주권과 제5호 적용상 차이가 없음을 보여주는 방증입니다.)
• 기획재정부 재산세제과-735, 2019.10.30. : 계약금 지급일 현재 분양권·조합원입주권만 보유한 세대는 "무주택 세대"로 봄. 따라서 거주요건을 적용하지 않음.
• 기획재정부 재산세제과-316, 2020.4.6. : 거주요건 배제규정(및 시행령 부칙 경과규정)의 "계약금을 지급한 사실"이란 계약금을 완납한 경우를 말함. 계약금 일부를 공고일 이후에 납부하면 거주요건이 적용됨.
• 기획재정부 조세법령운용과-988, 2021.11.17. : 조정대상지역 공고 전에 증여받은 분양권에 기해 취득한 주택은 제5호 적용대상이 아니므로 2년 거주요건이 적용됨. (매매계약이 아닌 무상취득은 배제규정 적용 불가)
• 조세심판원 조심 2024서3867, 2024.9.24. (기각) : 조정대상지역 공고일 이전에 전 배우자가 분양권 매매계약을 체결하였더라도, 청구인이 조정대상지역 공고 후에 그 지분을 증여받고 양도 당시 이혼하여 별도세대를 구성한 경우, 청구인은 제5호의 "거주자가 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 매매계약을 체결"한 경우에 해당하지 않는다고 보아 거주요건 배제를 부인. (계약 체결 세대와 양도 세대의 동일성이 무너지면 제5호가 적용되지 않음을 보여주는 사례)

쟁점 ③ 관련 — 과세범위·취득가액·장기보유특별공제

소득세법 제95조 제2항·제4항

② "장기보유특별공제액"이란 보유기간이 3년 이상인 자산의 양도차익에 표 1에 따른 보유기간별 공제율(연 2%, 최대 30%)을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(2년 이상 거주한 주택)에 해당하는 자산의 경우에는 표 2에 따른 보유기간별 공제율과 거주기간별 공제율을 합산한 금액(최대 80%)으로 한다. ④ 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다.

 

소득세법 제97조(양도소득의 필요경비 계산)

취득가액은 자산 취득에 든 실지거래가액(취득에 소요된 부대비용 포함)으로 하며, 자본적 지출액과 양도비를 필요경비로 공제한다.

※ 참고: 소득세법 시행령 제166조(양도차익의 산정 등)는 조합원입주권 양도 또는 원조합원의 재개발·재건축 관련 양도차익 구분계산(관리처분계획인가 전·후)을 규정하고 있으나, 이는 승계조합원이 완공된 신축주택을 양도하는 경우의 "시기별 구분과세" 근거가 아닙니다. (아래 세무분석 참조)

4. 세무분석

(1) 승계조합원의 신축주택 취득시기 = 완공일(사용승인일 등)

원조합원(종전주택을 보유하다가 관리처분계획인가로 입주권으로 전환된 자)은 종전주택의 연장선에서 보유·거주기간이 통산되지만, 매매로 입주권을 승계취득한 승계조합원은 다릅니다. 승계조합원은 "완성되지 아니한 자산"을 취득한 것이므로, 소득세법 시행령 제162조 제1항 제8호에 따라 신축주택의 취득시기는 입주권 취득일(2017.06.)이 아니라 목적물이 완성된 날, 즉 사용승인서 교부일(사실상 사용일·임시사용승인일이 빠르면 그 날)이 됩니다.

따라서 다음 두 가지가 모두 완공일을 기준으로 판단됩니다.

• "취득 당시 조정대상지역" 여부 → 완공일 현재 조정대상지역인지로 판단
• 비과세 보유기간 2년의 기산일 → 완공일부터 기산 (입주권 보유기간 2017~완공은 통산되지 않음)

(2) 1차 확인사항 — 완공일 현재 조정대상지역이었는가?

본 사안에서 추가분담금 납부가 2022~2023년에 이루어졌으므로 완공(사용승인)은 그 이후로 추정됩니다. 그런데 2022년 하반기부터 2023년 초에 걸쳐 서울 강남 3구·용산구 등을 제외한 전국 대부분 지역의 조정대상지역 지정이 해제되었습니다.

• 사용승인일이 조정대상지역 해제 이후라면 → "취득 당시 조정대상지역에 있는 주택"이 아니므로 거주요건 자체가 처음부터 적용되지 않습니다. 완공일부터 2년 이상 보유만 하면 비과세가 가능합니다.
• 사용승인일이 해제 전(조정대상지역 상태)이라면 → 원칙적으로 2년 거주요건이 적용되며, 아래 (3)의 배제규정 적용 여부를 검토해야 합니다.

실무상 가장 먼저 사용승인일과 해당 지역의 조정대상지역 해제 공고일을 비교하시기 바랍니다.

(3) 2차 검토 — 시행령 제154조 제1항 제5호의 거주요건 배제

완공일 당시 조정대상지역이었더라도, 제5호는 ▲조정대상지역 공고일 이전에 매매계약 체결 + 계약금 지급(완납)이 증빙서류로 확인되고 ▲계약금 지급일 현재 무주택 세대이면 거주기간의 제한을 받지 않도록 규정하고 있습니다.

본 사안에 대입하면 다음과 같습니다.

제5호 요건본 사안충족 여부

 

조정대상지역 공고일 이전 매매계약 체결	2017.06. 입주권 매매계약 (공고는 2017.08.02. 이후)	충족
계약금 지급(완납) 사실의 증빙 확인	2017.06. 취득 완료(계약금은 물론 잔금까지 청산된 것으로 보임)	증빙 구비 시 충족
계약금 지급일 현재 무주택 세대	취득 당시 무주택 세대	충족

여기서 실무상 다투어졌던 지점은 "매매계약의 대상이 주택이 아닌 입주권(권리)인데도 제5호가 적용되는가"였습니다. 이 쟁점에 대해서는 본 사안과 사실관계가 정확히 일치하는 정면 예규가 있습니다.

• 기획재정부 재산세제과-1422(2022.11.14.) 는 조정대상지역 공고일 이전에 무주택자가 「도시 및 주거환경정비법」상 재개발사업의 조합원입주권을 매매계약으로 취득한 경우 거주요건을 적용하지 않는다고 회신하였습니다(2안 타당). 본 사안과 권리의 유형(재개발 입주권), 취득 방식(매매), 시점(공고 전)이 모두 일치합니다.
• 기획재정부 재산세제과-735(2019.10.30.) 는 계약금 지급일 현재 분양권·조합원입주권만 보유한 세대를 무주택 세대로 보아 거주요건을 적용하지 않는다고 회신하였습니다.
• 서면-2022-법규재산-3135(2022.12.21.) 는 사업계획승인 받은 지역주택조합의 신규주택 취득 권리를 조정대상지역 공고 전 매매계약으로 승계취득한 경우 거주요건을 적용하지 않는다고 회신하였습니다. 이는 지역주택조합 사안이지만, "주택이 아닌 권리의 매매계약도 제5호의 매매계약에 해당한다"는 법리를 확인한 것으로, 재개발 입주권과 제5호 적용상 달리 볼 이유가 없음을 뒷받침합니다.

즉, 무주택 세대가 조정대상지역 공고 전에 매매계약으로 입주권을 승계취득(계약금 완납)한 경우, 그 입주권이 완공되어 취득한 신축주택의 양도에는 거주요건이 적용되지 않는다는 것이 해석의 일관된 방향입니다. 본 사안은 공고 전에 계약뿐 아니라 취득 자체가 완료되었고 취득 당시 무주택 세대였으므로, 제5호 적용 가능성이 높다고 판단됩니다.

다만, 다음 세 가지는 반드시 확인이 필요합니다.

1. 매매계약일 것 — 증여·상속 등 무상승계취득이라면 제5호가 적용되지 않습니다(기획재정부 조세법령운용과-988). 본 사안은 매매계약이므로 해당 없음.
2. 계약금 완납 증빙 — 매매계약서, 계약금·잔금 이체내역 등 객관적 증빙을 보관해야 합니다(기획재정부 재산세제과-316).
3. 계약 체결자와 양도자의 세대 동일성 — 계약 체결자가 속한 세대와 양도 시점의 세대가 달라지는 경우 제5호 적용이 부인됩니다. 조세심판원은 조정대상지역 공고 전 전 배우자가 분양권을 계약하였더라도, 청구인이 공고 후에 그 지분을 증여받고 양도 당시 이혼하여 별도세대가 된 사안에서 제5호 적용을 부인하였습니다(조심 2024서3867, 2024.9.24. 기각). 본 사안처럼 본인이 직접 계약·취득·양도하는 경우에는 문제되지 않습니다.

(4) 비과세를 받기 위한 나머지 요건 — 보유기간 2년

거주요건이 배제되더라도 보유요건 2년은 그대로 적용됩니다. 그리고 (1)에서 본 것처럼 승계조합원의 보유기간은 완공일(사용승인일)부터 기산합니다. 입주권을 2017년부터 보유했더라도 신축주택의 보유기간에는 합산되지 않으므로, 완공일부터 2년이 경과한 후 양도해야 비과세가 가능합니다. 완공 후 임대 중이라면 임대 여부와 무관하게 보유기간만 충족하면 됩니다.

또한 양도가액이 12억원을 초과하는 고가주택이라면 12억원 초과분에 상당하는 양도차익은 과세되며, 이때 장기보유특별공제는 "2년 이상 거주" 요건을 충족하지 못하므로 표 2(최대 80%)가 아닌 표 1(연 2%, 최대 30%)이 적용되고, 공제율 산정의 보유기간 역시 완공일부터 기산되어 공제폭이 크지 않다는 점을 유의해야 합니다.

(5) 문의 ② — 권리가액분과 분담금분의 "구분과세"는 불가능

결론부터 말씀드리면, 1세대 1주택 비과세는 요건 충족 여부에 따라 전부 적용되거나 전부 배제되는 구조이며(고가주택의 12억원 초과분 안분과세는 별개), 거주요건 미충족으로 비과세가 배제되는 경우 신축주택의 양도차익 전체가 과세대상이 됩니다. "2017년 권리가액에 대응하는 가치상승분은 비과세하고 2022년 분담금에 대응하는 부분만 과세"하는 식의 시기별·재원별 구분과세 제도는 존재하지 않습니다.

소득세법 시행령 제166조가 관리처분계획인가 전·후의 양도차익을 구분하도록 정하고 있으나, 이는 조합원입주권 자체를 양도하는 경우 또는 원조합원의 장기보유특별공제 계산 등을 위한 규정이고, 승계조합원이 완공된 신축주택을 양도하는 경우에는 적용될 여지가 없습니다. 승계조합원의 신축주택은 취득시기가 완공일로 통일되고, 그 이전에 지출한 금액은 모두 취득원가로 흡수되기 때문입니다.

다만 과세되는 경우에도 다음 금액은 취득가액 및 필요경비로 전액 공제됩니다(소득세법 제97조).

• 2017년 입주권 매수대금 전액 (권리가액 + 프리미엄 + 취득 부대비용)
• 2022~2023년 납부한 추가부담금(분담금) 전액
• 취득세 등 취득 부대비용, 자본적 지출액, 양도비

즉, 납부 시점이 달라도 "과세 여부"가 달라지는 것이 아니라, 모두 양도가액에서 차감되는 필요경비로 동일하게 반영되는 것입니다.

5. 결론

문의 ① — 비과세 적용 가능성: 높음 (단, 단계별 확인 필요)

• 사용승인일이 조정대상지역 해제 이후라면 거주요건 자체가 적용되지 않으므로, 완공일부터 2년 이상 보유 후 양도 시 비과세가 가능합니다(12억원 이하 기준).
• 사용승인일이 조정대상지역 지정 중이더라도, 귀하는 ▲조정대상지역 공고일 이전(2017.06.)에 ▲매매계약으로 재개발 조합원입주권을 승계취득(계약금 완납)하였고 ▲취득 당시 무주택 세대였으므로, 소득세법 시행령 제154조 제1항 제5호에 따라 거주기간의 제한을 받지 않을 가능성이 높습니다. 이는 본 사안과 사실관계가 일치하는 기획재정부 재산세제과-1422(2022.11.14.)에서 직접 확인된 결론입니다. 이 경우에도 완공일부터 2년 보유요건은 충족해야 합니다.
• 매매계약서·계약금 및 잔금 지급 증빙, 계약 당시 세대의 무주택 사실을 입증할 자료를 반드시 구비하시기 바랍니다. 본인이 직접 계약·취득·양도하는 한 세대 동일성 문제는 없습니다.

문의 ② — 비과세 배제 시 과세범위: 전체 과세, 구분과세 불가

거주요건 미충족으로 비과세가 배제된다면 양도차익 전체가 과세대상이며, 권리가액분과 분담금분을 구분하여 일부만 과세하는 제도는 없습니다. 다만 입주권 매수대금과 추가부담금은 모두 취득가액(필요경비)으로 공제되고, 장기보유특별공제는 완공일부터 기산한 보유기간에 표 1(연 2%)을 적용하게 됩니다. 고가주택이라면 비과세가 적용되는 경우에도 12억원 초과분은 동일한 방식으로 과세됩니다.

사용승인일, 조정대상지역 해제 공고일, 계약·대금지급 증빙의 구체적 일자에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 양도 전 반드시 세무대리인을 통해 사실관계를 확정하시기 바랍니다.

※ 면책규정

본 글은 작성일 현재 시행 중인 소득세법(법률 제21548호) 및 소득세법 시행령(대통령령 제36343호)의 조문을 기준으로 작성되었으며, 해당 법령 조문(제89조, 제95조, 제97조, 제98조, 시행령 제154조, 제162조)은 원문을 직접 확인하였습니다. 본문에 인용된 예규·해석사례(기획재정부 재산세제과-1422, 재산세제과-735, 재산세제과-316, 조세법령운용과-988, 서면-2022-법규재산-3135) 및 조세심판원 결정(조심 2024서3867)은 결정문·회신 내용을 기초로 한 것이나, 실제 적용 전 국세법령정보시스템 등에서 원문을 재확인하시기 바랍니다. 조정대상지역의 지정·해제 일자는 지역별로 상이하므로 국토교통부 공고를 통해 개별 확인이 필요합니다. 본 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 하며, 개별 사안에 대한 세무 판단은 구체적 사실관계에 따라 달라질 수 있으므로 반드시 세무 전문가와 상담 후 의사결정하시기 바랍니다. 본 글의 내용을 근거로 한 의사결정의 결과에 대해 작성자는 법적 책임을 지지 않습니다.