1세대 2주택, 어느 집을 먼저 팔아야 할까요? — 비과세 전략과 양도 순서

1. 질문

비조정대상지역에 2주택을 보유하고 있습니다.

1번(파주): 2021년 10월 등기, 현재 전세, 취득가액(분양가+경비) 약 4.3억, 2026년 10월 매도 예정, 예상 매도가 6.5억(시세차익 약 2.2억)
2번(안성): 2023년 5월 등기, 현재 거주 중, 취득가액 약 2.6억, 2026년 8월 매도 예정, 예상 매도가 2.8억(시세차익 약 0.2억)

① 2번을 먼저 팔고 1번을 팔면, 1번만 양도세를 내고 2번은 비과세가 가능한가요?
② 1년 안에 두 채를 팔면 세금을 더 낸다는 말이 있던데 사실인가요?
③ 어느 집을 먼저 파는 것이 유리한가요?

 

2. 사실관계 요약 및 쟁점들

(1) 사실관계

• 두 주택 모두 현재 비조정대상지역 소재
• 1번(파주): 2021. 10. 취득 → 2026. 10. 양도 시 보유기간 약 5년, 차익 약 2.2억, 취득 이후 전세 임대 중(자가 거주 이력 없음)
• 2번(안성): 2023. 5. 취득 → 2026. 8. 양도 시 보유기간 약 3년 3개월, 차익 약 0.2억, 현재 거주 중
• 두 주택 모두 양도 예상가액이 12억 원 이하이며, 각각의 보유기간이 2년 이상입니다.
• 1번 주택의 파주시 내 정확한 소재지(동·읍·면), 분양계약 체결일과 계약금 지급일, 계약금 지급일 당시 세대의 주택 보유 현황은 확인되지 않았습니다.

(2) 쟁점

• 쟁점 ① 어느 한 주택을 먼저 양도할 때 그 주택이 비과세 대상이 될 수 있는지, 그리고 어느 순서가 유리한지
• 쟁점 ② 마지막에 1주택만 남은 상태에서 양도하는 주택이 1세대 1주택 비과세를 받을 수 있는지 — 특히 1번(파주) 주택의 취득 당시 조정대상지역 여부에 따른 2년 거주요건 적용 문제
• 쟁점 ③ "1년 내 2채 양도 시 세금 가중" 우려, 즉 단기 보유 중과세율 및 동일 연도 합산과세 문제

 

3. 쟁점별 관련 법령

(1) 1세대 1주택 비과세

「소득세법」 제89조 제1항 제3호 가목은 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택(주택 및 부수토지의 양도 당시 실지거래가액 합계액이 12억 원을 초과하는 고가주택 제외)의 양도소득에 대해 양도소득세를 과세하지 않는다고 규정합니다.

「소득세법 시행령」 제154조 제1항은 그 요건을 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 해당 주택의 보유기간이 2년 이상인 것으로 정하되, 취득 당시에 조정대상지역에 있는 주택의 경우에는 보유기간 2년 이상에 더하여 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상일 것을 추가로 요구합니다. 즉 거주요건의 판단 기준은 양도 시점이 아니라 취득 시점의 조정대상지역 해당 여부입니다.

다만, 같은 항 제5호는 거주자가 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우로서 해당 거주자가 속한 1세대가 계약금 지급일 현재 주택을 보유하지 아니하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다고 규정합니다.

(2) 단기 보유 중과세율

「소득세법」 제104조 제1항 제2호는 보유기간 1년 이상 2년 미만인 주택에 100분의 60, 같은 항 제3호는 보유기간 1년 미만인 주택에 100분의 70의 세율을 적용한다고 규정하며, 같은 조 제2항에 따라 이때의 보유기간은 해당 자산의 취득일부터 양도일까지로 계산합니다.

(3) 양도소득 기본공제와 합산과세

「소득세법」 제103조 제1항은 양도소득이 있는 거주자에 대해 해당 과세기간의 양도소득금액에서 연 250만 원을 공제한다고 규정합니다. 양도소득세는 과세기간(역년) 단위로 과세표준을 합산하여 누진세율을 적용합니다.

(4) 일시적 2주택 특례

「소득세법 시행령」 제155조 제1항은 종전 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고, 신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전 주택을 양도하는 경우 이를 1세대 1주택으로 보아 비과세하는 특례를 규정합니다.

(5) 장기보유특별공제

「소득세법」 제95조 제2항은 보유기간 3년 이상인 자산의 양도차익에 표1에 따른 보유기간별 공제율을 적용하되, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산은 표2(보유기간별 공제율과 거주기간별 공제율의 합산)를 적용한다고 규정합니다. 「소득세법 시행령」 제159조의4는 표2가 적용되는 1세대 1주택을 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것으로 정의하므로, 거주기간이 2년 미만인 주택은 표2 적용 대상 자체에 해당하지 않고 표1이 적용됩니다.

 

4. 세무분석

(1) 원칙 — 비과세는 "1주택만 남은 상태에서 파는 마지막 집"에만 적용됩니다

질문 ①에 대한 답입니다. 먼저 파는 집은 그 양도 시점에 2주택자이므로 1세대 1주택 비과세 대상이 아니며 과세됩니다. 비과세는 그 주택을 팔아 1주택만 남은 뒤 나중에 파는 집에 적용될 수 있습니다. 즉 "2번을 먼저 팔면 2번이 비과세"가 아니라, 2번을 먼저 팔면 2번은 과세되고 나중에 파는 1번이 비과세 요건 충족 여부의 검토 대상이 됩니다.

(2) 이 사안의 핵심 변수 — 1번(파주) 주택의 "취득 당시" 조정대상지역 여부

두 주택이 현재 비조정대상지역이라는 사정만으로 거주요건이 배제되는 것이 아닙니다. 「소득세법 시행령」 제154조 제1항의 거주요건은 취득 당시 조정대상지역 여부로 판단합니다.

국토교통부 공고에 따르면 파주시는 2020년 12월 18일 조정대상지역으로 지정되었고(문산읍, 파주읍, 법원읍, 조리읍, 월롱면, 탄현면, 광탄면, 파평면, 적성면, 군내면, 장단면, 진동면 및 진서면 제외), 2022년 9월 26일자로 해제되었습니다. 1번 주택의 취득 시점인 2021년 10월은 이 지정 기간 중에 있으므로, 1번 주택이 파주시 동(洞) 지역에 소재한다면 취득 당시 조정대상지역에 해당하여 2년 거주요건이 적용됩니다. 1번 주택은 취득 이후 전세 임대 중으로 자가 거주 이력이 없으므로, 이 경우 마지막 1주택 상태로 양도하더라도 비과세를 받을 수 없습니다.

반면 2번(안성) 주택은 안성시가 조정대상지역에서 해제된 2022년 9월 26일 이후인 2023년 5월에 취득하였으므로 취득 당시 비조정대상지역이 확정되어 거주요건이 적용되지 않으며, 보유기간 2년 이상 요건은 이미 충족합니다.

(3) 거주요건이 배제될 수 있는 경우 — 시행령 제154조 제1항 제5호

1번 주택이 동 지역 소재로 취득 당시 조정대상지역에 해당하더라도, 다음 요건을 모두 갖추면 거주요건의 제한을 받지 않습니다.

 

• 조정대상지역 공고일(2020년 12월 18일) 이전에 분양계약 등 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류로 확인될 것
• 계약금 지급일 현재 해당 1세대가 주택을 보유하지 아니할 것

 

1번 주택은 분양으로 취득한 것으로 보이며 2021년 10월 등기라면 분양계약은 그보다 상당 기간 앞설 가능성이 있으나, 실제 계약 체결일·계약금 지급일과 당시 세대의 무주택 여부는 확인되지 않았습니다. 이 확인 결과에 따라 아래 결론이 완전히 달라지므로, 분양계약서와 계약금 지급 증빙, 당시 세대원 전원의 주택 보유 이력을 반드시 확인하셔야 합니다.

(4) 시나리오별 유리한 양도 순서

시나리오 A — 1번에 거주요건이 적용되지 않는 경우(1번이 지정 제외된 읍·면 지역 소재이거나, 제5호 요건을 모두 충족하는 경우)

2번(안성)을 먼저 양도하면 2번은 2주택 상태의 양도로 과세되지만 차익이 약 0.2억 원으로 작고 보유 2년 이상이므로 일반세율이 적용됩니다. 이후 1주택만 남은 상태에서 1번(파주)을 양도하면 보유 2년 이상·양도가 12억 원 이하로서 1세대 1주택 비과세가 가능합니다. 차익이 작은 집을 먼저 과세로 정리하고 차익이 큰 집(약 2.2억 원)을 마지막에 비과세로 남기는 이 순서가 세 부담을 최소화합니다. 질문자께서 계획하신 순서(2026년 8월 2번 → 2026년 10월 1번)와도 일치합니다.

시나리오 B — 1번에 거주요건이 적용되고 이를 충족하지 못하는 경우(1번이 동 지역 소재이고 제5호 요건도 갖추지 못한 경우)

1번은 양도 순서와 무관하게 비과세를 받을 수 없습니다. 이 경우 유리한 순서는 계획과 정반대가 됩니다. 1번(파주)을 먼저 양도하여 과세로 정리하고(차익 약 2.2억 원, 보유 2년 이상이므로 일반세율, 보유 5년으로 표1에 따른 장기보유특별공제 적용), 이후 1주택만 남은 상태에서 2번(안성)을 양도하면 2번은 비과세가 가능합니다. 만약 계획대로 2번을 먼저 양도하면 2번은 2주택 상태 양도로 과세되고, 1번 역시 거주요건 미충족으로 과세되어 두 채 모두 과세되는 최악의 결과가 됩니다.

(5) "1년 안에 2채 팔면 세금이 더 늘어난다"는 말의 진실

이는 우선 단기 보유 중과세율과 혼동된 것으로 보입니다. 「소득세법」 제104조 제1항 제2호·제3호의 60%·70% 세율은 각 주택의 보유기간이 2년 미만일 때 적용되는 것으로, 본 사안의 두 주택은 모두 보유기간이 2년을 넘으므로 해당하지 않습니다.

다만, "1년"과 관련하여 별도로 유의할 점이 있습니다. 양도소득은 과세기간(역년) 단위로 합산하여 누진세율을 적용하고, 「소득세법」 제103조 제1항의 기본공제(연 250만 원)도 과세기간별로 적용됩니다. 같은 해에 두 채가 모두 과세 대상으로 양도되면 과세표준이 합산되어 누진세율 구간이 높아질 수 있습니다. 본 사안에서는 어느 시나리오든 한 채는 비과세되고 한 채만 과세되므로 합산 효과는 사실상 문제되지 않으나, 두 채가 모두 과세되는 상황이라면 양도 연도를 분산하는 것이 유리할 수 있습니다.

(6) 일시적 2주택 특례는 이미 적용할 수 없습니다

「소득세법 시행령」 제155조 제1항의 특례를 적용하려면 신규 주택(2번, 2023년 5월 취득) 취득일부터 3년 이내인 2026년 5월까지 종전 주택(1번)을 양도했어야 합니다. 1번의 매도 예정 시점(2026년 10월)은 이 기한을 지나므로 본 사안에서 일시적 2주택 특례에 의한 비과세는 검토 대상이 되지 않습니다.

(7) 장기보유특별공제 관련 유의점

1번 주택은 자가 거주 이력이 없어 「소득세법 시행령」 제159조의4의 거주기간 2년 요건을 충족하지 못하므로, 과세되는 경우 1세대 1주택용 표2가 아니라 표1(보유기간별 공제율)이 적용됩니다. 시나리오 B에서 1번이 과세될 때에도, 시나리오 A에서 향후 양도가액 상승으로 12억 원을 초과하여 일부 과세되는 경우에도 동일합니다.

(8) 실무 체크리스트

• 1번 주택의 정확한 소재지(동·읍·면)로 취득 당시 조정대상지역 해당 여부를 확인하십시오.
• 분양계약서상 계약 체결일, 계약금 지급일 및 지급 증빙, 계약금 지급일 당시 세대원 전원의 주택 보유 이력을 확인하십시오.
• 마지막에 양도하는 주택의 양도일 현재 반드시 먼저 판 주택의 잔금 수령·소유권이전등기가 완료되어 1주택 상태임을 확정해 두십시오.

5. 결론

이 사안의 결론은 1번(파주) 주택의 취득 당시 조정대상지역 해당 여부와 「소득세법 시행령」 제154조 제1항 제5호 요건 충족 여부에 따라 정반대로 갈립니다. 파주시는 2020년 12월 18일부터 2022년 9월 26일까지 조정대상지역이었으므로(일부 읍·면 제외), 2021년 10월에 취득한 1번 주택은 소재지에 따라 2년 거주요건이 적용될 수 있고, 거주 이력이 없는 1번은 이 경우 비과세가 불가능합니다.

거주요건이 적용되지 않는 것으로 확인되면(읍·면 소재 또는 제5호 충족) 계획하신 대로 2번을 먼저 팔고 1번을 마지막에 비과세로 양도하는 것이 가장 유리합니다. 반대로 거주요건이 적용되고 충족하지 못하는 것으로 확인되면 순서를 바꾸어 1번을 먼저 과세로 정리하고 2번을 마지막에 비과세로 양도해야 하며, 계획대로 진행할 경우 두 채 모두 과세되는 결과가 됩니다.

질문 ③의 "1년 내 2채 양도 시 세금 가중"은 보유기간 2년 미만 주택에 적용되는 단기 중과세율에 관한 것으로 본 사안에는 해당하지 않으며, 동일 연도 합산에 따른 누진세 효과도 한 채가 비과세되는 이상 실질적 문제가 되지 않습니다.

따라서 매도 실행 전에 반드시 1번 주택의 소재지와 분양계약 관련 증빙(계약일·계약금 지급일·당시 무주택 여부)을 먼저 확인하시기 바랍니다.

※ 블로그글 면책규정

본 글은 「소득세법」(법률 제21548호) 및 「소득세법 시행령」(대통령령 제36343호)의 조문을 확인하여 작성한 일반적 정보 제공 목적의 분석이며, 특정 거래에 대한 세무 자문이 아닙니다. 조정대상지역 지정·해제 현황은 국토교통부 공고 등 공개 자료를 기준으로 하였으므로 개별 주택의 소재지별 해당 여부는 별도 확인이 필요합니다. 실제 양도가액·취득가액·필요경비, 취득 당시 규제지역 해당 여부, 계약 체결 시점과 세대의 주택 보유 현황에 따라 결과가 달라질 수 있으므로, 거래 실행 전 반드시 담당 세무대리인의 개별 검토를 받으시기 바랍니다.