사업 개시 전 폐업 후 재등록, 창업중소기업 세액감면 받을 수 있을까?

1. 질문

사실관계:

2026-07-13 개업, 07-14 개인사업자 등록(간이과세자). 업태 정보통신업, 종목 포털 및 기타 인터넷 정보 매개 서비스업(642004). 사업장 = 충남 서산시 대산읍(주거지) 2026-07-15 사업장을 서울 서초구로 정정 접수했으나 처리 전 취소(등록 이력에 미반영) 2026-07-16 사업장을 경기 남양주시 별내동(비상주 사무실)으로 정정, 당일 처리 완료. 간이과세자 유지된 사업자등록증명 발급됨 현재까지 매출·매입·설비투자·고용 일체 없음(사실상 사업 미개시 상태) 대표자는 1994년생(창업 당시 만 31세, 청년 요건 충족), 근로소득이 있는 겸업 사업자 실제 사업 내용: 모바일 앱 개발·공급(구글 플레이 구독 판매) — 실질 업종은 응용소프트웨어 개발 및 공급업(722000)에 해당한다고 판단

 

질문:

위 상태에서 폐업 후 충남 서산시 소재 사업장(비상주 사무실)에서 종목 722000으로 신규 등록할 경우, 조특법 제6조의 "창업"으로 인정되는지요? (사전-2023-법규소득-0346 — 사실상 사업 미개시 상태의 폐업 후 재개시를 창업으로 본 예규를 참고했습니다. 해당 예규와 달리 재등록 지역이 종전과 다른 점이 문제가 되는지도 궁금합니다.) 창업으로 인정된다면 창업지 = 서산(수도권 외)으로 100% 감면율(2026년 개정 기준)이 적용되는지요? 종전 사업자등록에서 별내(수도권)로 이전했던 이력이 시행령 제5조의 감면율 하향 규정과 관련해 새 사업자등록에 영향을 미치는지요? 남양주 별내동 소재 642004·722000은 간이과세 배제기준 고시(제2026-19호 제4조 및 별표3)상 배제 대상으로 판단했는데 맞는지요? 현재 간이과세자로 등록돼 있는 상태인데, 폐업 전까지 특별히 조치할 것이 있는지요? (매출 0원) 폐업 신고 및 재등록 시 절차상 유의사항(폐업 부가가치세 신고 등)과 리스크가 있다면 알려주세요. 향후 감면 적용 시 비상주 사무실 상태에서의 "실제 사업활동" 입증 요건이 궁금합니다.

 

2. 사실관계 요약 및 쟁점들

가. 사실관계 요약

질문자님은 2026년 7월 13일 개업하여 7월 14일 충남 서산시 대산읍 주거지를 사업장으로 개인사업자 등록(간이과세자, 업종코드 642004 포털 및 기타 인터넷 정보 매개 서비스업)을 마친 후, 불과 이틀 사이에 사업장 소재지를 서울 서초구로 정정 접수했다가 취소하고, 다시 경기 남양주시 별내동 비상주 사무실로 정정하여 처리를 완료한 상태입니다.

 

등록 후 현재까지 매출·매입·설비투자·고용이 전혀 없어 사실상 사업이 개시되지 않았고, 실제 영위하려는 사업의 실질은 모바일 앱 개발·공급(업종코드 722000, 응용 소프트웨어 개발 및 공급업)입니다.

 

대표자는 1994년생으로 창업 당시 만 31세이며 근로소득이 있는 겸업 사업자입니다. 이 상태에서 현재 사업자등록을 폐업하고, 충남 서산시 소재 사업장(비상주 사무실)에서 업종코드 722000으로 신규 등록하려는 계획입니다.

나. 쟁점 정리

쟁점 1: 사실상 사업 미개시 상태에서 폐업 후 재등록하는 것이 조세특례제한법 제6조의 "창업"에 해당하는지 — 특히 재등록 장소가 종전(별내동)과 다른 서산이라는 점이 사전-2023-법규소득-0346 예규의 적용에 영향을 미치는지 여부

 

쟁점 2: 창업으로 인정될 경우 창업지를 서산(수도권 외)으로 보아 100% 감면율이 적용되는지, 그리고 종전 등록에서 별내동(수도권)으로 이전했던 이력이 조세특례제한법 시행령 제5조 제25항의 감면율 하향 규정과 관련하여 새 등록에 영향을 미치는지 여부

 

쟁점 3: 서초 → 별내 → 서산으로 이어진 단기간 내 사업장 이전 추진 이력과 비상주 사무실 등록이 국세기본법 제14조 실질과세원칙 관점에서 감면 적용에 미치는 리스크

 

쟁점 4: 남양주시 별내동 소재 업종코드 642004·722000의 간이과세 배제 해당 여부 및 폐업 전 조치 사항

 

쟁점 5: 폐업 신고·재등록 절차상 유의사항(폐업 부가가치세 확정신고 등)

 

쟁점 6: 비상주 사무실 상태에서 "실제 사업활동"의 입증 요건

 

3. 쟁점별 관련 법령

가. 쟁점 1·2 관련 — 창업 인정 여부 및 감면율

조세특례제한법 제6조(창업중소기업 등에 대한 세액감면) 제1항은 2027년 12월 31일 이전에 제3항 각 호의 업종으로 창업한 창업중소기업에 대하여, 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세를 감면하도록 하면서, 같은 항 제1호 나목에서 2026년 1월 1일 이후에 창업한 경우의 감면율을 다음과 같이 구분합니다.

1. 수도권 외의 지역 또는 수도권의 인구감소지역에서 창업한 청년창업중소기업: 100분의 100
2. 수도권(수도권과밀억제권역과 인구감소지역은 제외)에서 창업한 청년창업중소기업: 100분의 75
3. 수도권과밀억제권역에서 창업한 청년창업중소기업과 수도권 외의 지역 또는 수도권의 인구감소지역에서 창업한 창업중소기업: 100분의 50
4. 수도권(수도권과밀억제권역과 인구감소지역은 제외)에서 창업한 창업중소기업: 100분의 25

같은 조 제3항 제8호는 감면 대상 업종으로 정보통신업을 규정하되 비디오물 감상실 운영업, 뉴스제공업, 가상자산 매매 및 중개업을 제외하고 있으며, 제12항은 감면을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액감면신청을 하도록 하고, 제13항은 각 과세연도에 감면받는 세액의 합계액이 5억원을 초과하는 경우 그 초과 금액은 감면하지 않는다고 규정합니다(2024. 12. 31. 신설).

같은 조 제10항은 창업으로 보지 않는 경우를 열거하고 있는데, 본 사안의 핵심은 다음 두 호입니다.

조세특례제한법 제6조 제10항 3. 폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우 4. 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우

 

조세특례제한법 시행령 제5조(창업중소기업 등에 대한 세액감면)는 다음을 규정합니다.

• 제1항 제1호: "청년창업중소기업"이란 개인사업자로 창업하는 경우 창업 당시 15세 이상 34세 이하인 사람(병역 이행 기간은 6년 한도로 연령에서 차감)이 대표자인 기업
• 제23항: 법 제6조 제10항을 적용할 때 같은 종류의 사업의 분류는 「통계법」 제22조에 따른 한국표준산업분류의 세분류를 따름
• 제25항(2025. 2. 28. 개정): 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 창업중소기업이 창업 이후 창업한 지역보다 법 제6조 제1항 제1호 각 목 및 제6항 제1호 각 목의 구분에 따른 비율이 더 낮은 지역으로 사업장을 이전하거나 해당 지역에 지점 또는 사업장을 설치한 경우, 해당 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 남은 감면기간 동안 그 이전·설치한 지역에서 창업한 창업중소기업으로 봄
• 제26항: 감면을 받으려는 자는 과세표준신고와 함께 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출

조세특례제한법 제132조(최저한세액에 미달하는 세액에 대한 감면 등의 배제) 제2항 제4호는 법 제6조에 따른 소득세 감면을 최저한세 적용 대상으로 열거하면서, 같은 호 가목에서 제6조 제1항에 따라 소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면받는 과세연도의 경우는 적용 대상에서 제외하고 있습니다.

 

수도권정비계획법 제6조 제1항 및 같은 법 시행령 제9조 관련 별표 1에 따르면 남양주시 중 과밀억제권역은 호평동, 평내동, 금곡동, 일패동, 이패동, 삼패동, 가운동, 수석동, 지금동 및 도농동에 한정되며, 별내동은 성장관리권역으로서 과밀억제권역에 해당하지 않습니다. 즉 별내동은 "수도권(과밀억제권역과 인구감소지역 제외)" 구간에 해당합니다.

관련 예규

• 사전-2023-법규소득-0346(법규과-1427, 2023. 6. 1.): 폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우에는 창업으로 보지 않는 것이나, 설비투자 등 창업 활동을 전혀 하지 아니한 상태에서 사업자등록 후 즉시 폐업하고 같은 장소에서 사업을 개시하여 실질적인 창업행위를 하는 경우에는 법 제6조 제1항의 "창업"에 해당함. 다만 이에 해당하는지는 종전 사업장과 신설 사업장의 설립 경위 및 운영 실태 등을 감안하여 그 실질에 따라 사실판단할 사항임
• 사전-2022-법규소득-0582(2022. 7. 14.): 사업자등록 후 설비투자 등 사업활동을 전혀 하지 아니한 상태에서 사업을 개시하지 않고 폐업한 후 같은 업종으로 다시 사업을 개시하는 경우는 법 제6조 제10항 제3호에 해당하지 않음
• 사전-2024-법규소득-1018(법규과-561, 2025. 3. 20.): 창업 활동을 전혀 하지 아니한 상태에서 기존 업종과 전혀 다른 창업감면대상 업종을 새로이 개시하여 실질적인 창업행위를 하는 경우에는 법 제6조 제1항의 "창업"에 해당함
• 서면-2023-소득-3639(소득세과-637, 2025. 3. 26.): 개인사업을 영위하던 거주자가 기존 사업장과 유사한 업종으로 새로이 개인사업을 개시하거나 사업자등록을 정정하는 경우가 법 제6조 제10항 각 호의 어느 하나에 해당하면 창업으로 보지 않음

나. 쟁점 3 관련 — 실질과세원칙

국세기본법 제14조(실질과세)는 과세의 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하고(제1항), 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용하며(제2항), 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 세법을 적용한다(제3항)고 규정합니다.

다. 쟁점 4 관련 — 간이과세 배제

부가가치세법 제61조(간이과세의 적용 범위) 제1항 단서 제2호는 "업종, 규모, 지역 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 사업자"는 간이과세자로 보지 않는다고 규정하고, 같은 법 시행령 제109조 제2항 제9호는 "사업장의 소재 지역과 사업의 종류·규모 등을 고려하여 국세청장이 정하는 기준에 해당하는 것"을 그 하나로 열거합니다.

 

이 위임에 따라 국세청장이 고시하는 「간이과세 배제기준」은 종목기준·부동산임대업기준·과세유흥장소기준·지역기준의 네 가지 기준으로 구성되며, 이 중 종목기준은 별표에 열거된 사업이 ① 서울특별시 및 광역시(읍·면 지역 제외), ② 수도권의 시 지역(읍·면 지역 제외) 중 수원시, 성남시, 의정부시, 안양시, 부천시, 광명시, 안산시, 시흥시, 고양시, 과천시, 군포시, 의왕시, 하남시, 구리시, 남양주시, 용인시, 평택시 등 열거 지역에 소재하는 경우 간이과세를 배제하도록 규정하고, 종목기준 별표에는 포털 및 기타 인터넷 정보 매개 서비스업과 응용 소프트웨어 개발 및 공급업이 포함되어 있습니다.

 

한 가지 짚어드리면, 질문에서 인용 근거를 "제4조 및 별표 3"으로 적으셨는데, 최근 연혁 고시의 편제상 종목기준에 대응하는 별표는 [별표 1]이고, [별표 2]는 부동산임대업기준, [별표 3]은 과세유흥장소기준, [별표 4]는 지역기준입니다. 판단의 결론에는 영향이 없으나 인용 근거는 "종목기준 조항 및 별표 1"로 정정하시는 것이 정확합니다. 아울러 현재 공개 연혁상 확인되는 최신 고시는 2025년 12월 26일 고시되어 2026년 1월 1일부터 시행 중인 고시이므로, 인용하신 "제2026-19호(2026. 7. 1. 시행)"라는 고시 번호와 조·별표 번호는 발행 전에 국가법령정보센터 원문과 한 번 대조하실 것을 권해 드립니다.

라. 쟁점 5 관련 — 폐업 신고와 확정신고

• 부가가치세법 제5조 제3항: 사업자가 폐업하는 경우의 과세기간은 폐업일이 속하는 과세기간의 개시일부터 폐업일까지로 함
• 부가가치세법 제8조: 사업자등록 및 등록사항 변경·폐업 신고의 근거
• 부가가치세법 제10조 제6항: 사업자가 폐업할 때 자기생산·취득재화 중 남아 있는 재화는 자기에게 공급하는 것으로 봄(잔존재화 공급의제)
• 부가가치세법 제67조 제1항: 간이과세자는 과세기간의 과세표준과 납부세액을 그 과세기간이 끝난 후 25일(폐업하는 경우 폐업일이 속한 달의 다음 달 25일) 이내에 납세지 관할 세무서장에게 확정신고·납부하여야 함
• 부가가치세법 제61조 제3항 및 같은 법 시행령 제109조 제4항: 신규로 사업을 시작하는 개인사업자는 공급대가 합계액이 기준금액에 미달할 것으로 예상되면 등록 신청 시 간이과세적용신고서를 함께 제출하여야 하며, 사업자등록신청서에 연간공급대가예상액과 그 밖의 참고 사항을 적어 제출한 경우에는 간이과세적용신고서를 제출한 것으로 봄

 

4. 세무분석

가. 쟁점 1 — 사업 미개시 상태의 폐업 후 재등록은 "창업"에 해당하는가

(1) 법 제6조 제10항 제3호의 문언과 예규의 논리

법 제6조 제10항 제3호는 "폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우"를 창업에서 배제합니다. 사전-2023-법규소득-0346과 사전-2022-법규소득-0582는 공통적으로, 설비투자 등 창업 활동을 전혀 하지 아니한 상태에서 폐업한 경우에는 배제 규정이 전제하는 "폐업 전의 사업"이라 할 실체 자체가 존재하지 않으므로, 폐업 후의 사업 개시가 실질적인 최초의 창업행위에 해당한다는 논리를 취하고 있습니다. 나아가 사전-2024-법규소득-1018은 창업 활동이 전무한 상태에서 기존 업종과 전혀 다른 감면대상 업종을 새로 개시하는 경우까지 창업으로 인정함으로써, 사업 실체가 없었던 종전 등록은 업종의 동일 여부와 무관하게 새 사업 개시의 창업성을 해치지 않는다는 방향을 일관되게 확인하고 있습니다.

본 사안은 등록 후 매출·매입·설비투자·고용이 일체 없는 상태이므로 위 예규들의 사실관계와 본질적으로 동일한 구조입니다. 따라서 폐업 후 서산에서 업종코드 722000으로 재등록하고 그때부터 실질적인 사업활동을 개시한다면, 재등록 시점의 사업 개시를 법 제6조 제1항의 "창업"으로 인정받을 가능성이 높다고 판단됩니다.

 

(2) 업종 동일성 판단 — 세분류 기준과 실질과세의 이중 검토

시행령 제5조 제23항에 따라 동종 여부는 한국표준산업분류의 세분류를 기준으로 판단합니다. 등록상 업종을 기준으로 보면 종전 업종코드 642004(포털 및 기타 인터넷 정보 매개 서비스업, 표준산업분류 63120 — 세분류 6312)와 신규 업종코드 722000(응용 소프트웨어 개발 및 공급업, 표준산업분류 58222 — 세분류 5822)은 세분류가 서로 달라 문언상 "같은 종류의 사업"에 해당하지 않습니다.

그러나 여기서 주의할 점이 있습니다. 질문자님 스스로 밝히셨듯이 종전 등록의 실질 업종도 처음부터 722000이었고 642004는 등록상 코드에 불과합니다. 실질과세 관점에서 종전 사업의 실질 업종을 722000으로 재구성하면 전후 업종은 동종이 됩니다. 다만, 그 경우에도 종전 등록 하에서 사업활동 자체가 없었다는 점은 변하지 않으므로, 결국 판단의 축은 업종 동일성이 아니라 "폐업 전의 사업"의 실체 존부로 되돌아오고, 위 (1)의 결론(창업 인정 가능)이 유지됩니다. 업종이 동종으로 재구성되더라도 사전-2023-법규소득-0346·사전-2022-법규소득-0582의 사안이 되고, 업종이 다른 것으로 보더라도 사전-2024-법규소득-1018의 사안이 되어, 어느 쪽이든 예규상 창업 인정의 논리가 닿아 있는 셈입니다. 즉 업종코드가 다르다는 점에 기대어 창업을 주장하기보다는, 사업 미개시 사실의 입증에 논거의 무게를 두는 것이 안전합니다.

 

(3) 재등록 장소가 다르다는 점 — 예규와의 사실관계 차이

사전-2023-법규소득-0346의 회신문은 "같은 장소에서 사업을 개시하여 실질적인 창업행위를 하는 경우"라고 표현하고 있습니다. 본 사안은 현재 등록상 사업장(남양주 별내동)과 재등록 예정지(서산)가 다르므로 예규의 사실관계와 차이가 있습니다.

법리적으로 보면, 배제 규정의 핵심 요건은 "폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업" 여부이고 장소의 동일성은 법문상 요건이 아니므로, 사업 실체가 없었다면 장소가 달라져도 창업 인정의 결론이 달라질 이유는 없다고 해석하는 것이 논리적입니다. 오히려 최초 등록지가 서산 대산읍 주거지였다는 점을 감안하면, 서산 재등록은 "원래의 실질적 활동 근거지로의 복귀"로 볼 여지도 있습니다.

다만 장소를 달리한 재등록 사안을 명시적으로 다룬 예규는 확인되지 않으며, 특히 본 사안은 아래 쟁점 3에서 보듯 감면율이 높아지는 방향으로의 이전이라는 특수성이 결합되어 있습니다. 사전-2023-법규소득-0346 자체가 창업 해당 여부를 "종전 사업장과 신설 사업장의 설립 경위 및 운영 실태 등을 감안한 사실판단 사항"으로 유보하고 있는 점, 서면-2023-소득-3639가 "유사한 업종으로 새로이 개시하거나 사업자등록을 정정하는 경우"에 대해 제10항 각 호 해당 시 창업 부인 입장을 취한 점, 그리고 제10항 제4호("새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우")가 포괄적 배제 규정으로 기능할 수 있다는 점을 고려하면, 금액적 실익이 큰 사안인 만큼 국세청 사전답변(법규과) 신청으로 확정적 판단을 받아두는 것을 권해 드립니다.

나. 쟁점 2 — 창업지와 감면율: 100%인가 75%인가

(1) 재등록이 창업으로 인정되는 경우

재등록 시점의 사업 개시가 새로운 창업으로 인정된다면, 창업지는 서산시(수도권 외)이고 대표자는 창업 당시 만 31세로 시행령 제5조 제1항 제1호의 청년 요건(15세 이상 34세 이하)을 충족하므로, 법 제6조 제1항 제1호 나목 1)에 따라 소득세의 100분의 100 감면이 적용됩니다. 근로소득이 있는 겸업 사업자라는 사정은 창업중소기업 세액감면의 적용 자체를 배제하는 사유가 아니며, 감면은 해당 사업(창업 업종)에서 발생한 소득에 대한 소득세에 한정하여 적용됩니다. 아울러 100분의 100 감면을 받는 과세연도는 조세특례제한법 제132조 제2항 제4호 가목에 따라 최저한세 적용 대상에서도 제외되므로, 감면 요건이 유지되는 한 해당 사업소득분 소득세는 사실상 전액 감면됩니다(각 과세연도 감면세액 합계 5억원 한도는 별도).

 

이 경우 종전 사업자등록에서 별내동으로 이전했던 이력은 새 사업자등록에 영향을 미치지 않는 것이 원칙입니다. 시행령 제5조 제25항은 "창업중소기업이 창업 이후" 더 낮은 감면율 지역으로 이전하는 경우를 규율하는 것인데, 종전 등록은 창업으로 인정되지 않는(사업 실체가 없는) 별개의 등록이므로 그 이전 이력이 새 창업에 승계될 법적 근거가 없기 때문입니다.

 

(2) 종전 등록과 신규 등록이 연속된 하나의 사업으로 재구성되는 경우 

반면 과세관청이 전체 경위를 하나의 연속된 사업으로 본다면 결론이 달라집니다. 이 경우 창업일은 2026년 7월 13일, 창업지는 최초 등록지인 서산(수도권 외, 청년 100%)이 되지만, 2026년 7월 16일 별내동(수도권, 과밀억제권역·인구감소지역 아님 — 청년 기준 75% 구간)으로의 사업장 이전이 시행령 제5조 제25항의 "창업한 지역보다 비율이 더 낮은 지역으로의 사업장 이전"에 해당하게 되어, 이전일이 속하는 과세연도(2026년)부터 남은 감면기간 동안 별내동에서 창업한 것으로 간주됩니다.

주의할 점은, 시행령 제5조 제25항은 낮은 감면율 지역으로 이전한 경우의 하향 간주만 규정할 뿐, 이후 다시 높은 감면율 지역으로 복귀하더라도 원래의 감면율을 회복시키는 규정을 두고 있지 않다는 것입니다. 따라서 연속 사업으로 재구성되는 경우 서산으로 재이전하더라도 감면율은 75%에 고정될 위험이 있습니다. 이 경우에는 100% 감면이 아니므로 최저한세(조세특례제한법 제132조 제2항)도 적용 대상이 됩니다.

 

(3) 시나리오별 비교

구분창업 인정 시(예규 논리)연속 사업으로 재구성 시

 

창업일	재등록일(2026년 하반기)	2026. 7. 13.
창업지	서산(수도권 외)	서산 → 별내 이전으로 별내 창업 간주(시행령 §5㉕)
적용 감면율	청년 100%	청년 75% (서산 복귀에도 회복 규정 없음)
최저한세	100% 감면 과세연도 적용 배제(법 §132②4가)	적용 대상
감면기간 기산	재등록 후 최초 소득 발생 과세연도부터 5년	2026. 7. 13. 기준 최초 소득 발생 과세연도부터 5년
전제 조건	종전 등록 하 사업 실체 부존재 입증 + 서산에서의 실질 사업활동	—

어느 시나리오에서든 감면의 전제는 서산에서 실질적인 사업활동이 수행된다는 사실이며, 이것이 무너지면 아래 쟁점 3과 같이 감면 자체가 부인될 수 있습니다.

 

다. 쟁점 3 — 실질과세원칙 관점의 리스크: 이 사안의 최대 변수

(1) 창업지는 등록상 주소가 아니라 실질로 판단됩니다

창업중소기업 세액감면에서 창업 지역의 판단은 사업자등록증상 주소가 아니라 실질적으로 사업이 수행되는 장소를 기준으로 이루어집니다. 국세기본법 제14조 제2항이 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 실질 내용에 따라 세법을 적용하도록 규정하고 있고, 간이과세 배제 판단에서도 등록상 업종이 아닌 실제 영위 업종을 기준으로 배제한 조세심판 사례가 있는 것과 같은 맥락입니다.

수도권 외 지역에 비상주 사무실 주소만 두고 실제 개발·영업 활동은 수도권에서 수행하는 경우, 과세관청은 실제 사업장을 기준으로 감면율을 재산정하거나 감면 자체를 부인하고 감면세액 전액과 가산세(신고불성실·납부지연)를 추징할 수 있습니다. 청년창업 100% 감면은 감면 규모가 크기 때문에 사후검증·세무조사에서 사업장 실재성이 집중적으로 확인되는 항목이기도 합니다.

 

(2) 본 사안의 이전 이력이 갖는 특수한 위험

본 사안의 등록 경위를 시간순으로 보면, 서산(주거지) 등록 → 서초구(과밀억제권역, 청년 50% 구간) 정정 접수 후 취소 → 별내동(수도권 비과밀, 청년 75% 구간) 정정 완료 → 폐업 후 서산(수도권 외, 청년 100% 구간) 재등록 계획으로 이어집니다. 사흘 사이에 감면율이 서로 다른 세 지역을 오간 정황은, 과세관청 입장에서 사업장 소재지가 실제 사업 수행 장소와 무관하게 조세상 유리한 지위를 얻기 위한 형식적 선택이었다는 의심을 뒷받침하는 정황증거가 될 수 있습니다. 국세기본법 제14조 제3항은 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 세법의 혜택을 부당하게 받으려는 경우 이를 연속된 하나의 행위로 보아 과세할 수 있도록 하고 있으므로, "폐업 → 재등록"이라는 형식 자체가 부인되고 위 쟁점 2의 (2) 시나리오(75% 고착) 또는 감면 전면 부인으로 귀결될 가능성을 배제할 수 없습니다.

 

(3) 리스크를 낮추는 방향

다행히 본 사안에는 유리한 사정도 뚜렷합니다. 최초 등록지인 서산 대산읍이 대표자의 실제 주거지라는 점입니다. 모바일 앱 개발업은 물적 설비 의존도가 낮아 주거지에서의 수행이 자연스러운 업종이므로, 실제로 서산 주거지에서 개발 활동을 수행한다면 실질이 등록을 뒷받침하게 됩니다.

이 관점에서 재등록 사업장은 서산 소재 비상주 사무실보다 실제 활동이 이루어지는 서산 주거지 주소로 하는 것이 실질과세 리스크 관리상 우월합니다. 비상주 사무실은 그 자체로 위법하지 않으나 "실제 사업활동 장소"라는 주장과는 구조적으로 긴장 관계에 있고, 주거지 등록은 등록상 주소와 실질 활동 장소를 일치시켜 다툼의 소지를 원천적으로 줄이기 때문입니다. 근로소득이 있는 겸업 사업자라는 점 때문에 근무지(통상 수도권일 가능성)가 실제 활동 장소로 추정될 위험도 있으므로, 개발 활동이 서산에서 이루어졌다는 기록을 아래 쟁점 6과 같이 체계적으로 남겨두시기 바랍니다.

라. 쟁점 4 — 별내동 소재 642004·722000의 간이과세 배제 판단과 폐업 전 조치

(1) 배제 대상 판단 — 결론은 타당, 인용 근거는 정정 필요

판단하신 결론은 타당합니다. 간이과세 배제기준 고시의 종목기준은 열거 업종이 열거 지역에 소재하는 경우 간이과세를 배제하는데, 남양주시(동 지역)는 종목기준 적용 지역에 열거되어 있고, 포털 및 기타 인터넷 정보 매개 서비스업(642004)과 응용 소프트웨어 개발 및 공급업(722000)은 모두 종목기준 별표의 열거 업종에 해당합니다. 따라서 별내동(읍·면이 아닌 동 지역) 소재 사업장에서 두 업종은 모두 간이과세 배제 대상입니다. 다만 앞서 언급드린 대로 인용 근거는 "제4조 및 별표 3"이 아니라 종목기준 조항과 그에 따른 별표(최근 연혁 기준 별표 1)로 정정하시고, 인용하신 고시 번호(제2026-19호)도 원문과 대조하시는 것이 정확합니다.

이에 따르면 2026년 7월 16일 별내동으로의 정정 처리 시점부터 해당 사업장은 간이과세 적용이 배제되어야 할 사업장인데 간이과세자 지위가 유지된 등록증명이 발급된 상태로, 등록상 과세유형과 배제기준이 불일치하는 상황입니다.

 

(2) 폐업 전 조치 — 매출 0원이므로 실익 있는 조치는 사실상 없음

과세유형 불일치가 실제 세부담 차이로 이어지는 것은 공급(매출)이나 매입이 있을 때입니다. 본 사안은 매출·매입이 전혀 없으므로, 간이과세자 지위로 폐업하더라도 추가 납부세액이나 가산세가 발생할 여지가 없고, 폐업 전에 과세유형 정정을 별도로 다툴 실익도 없습니다. 폐업 시 잔존재화의 공급의제(부가가치세법 제10조 제6항) 문제도 매입세액을 공제받은 재화가 없으므로 발생하지 않습니다. 결론적으로 폐업 전 특별히 요구되는 조치는 없으며, 아래의 폐업 확정신고(무실적 신고)만 기한 내에 이행하면 됩니다.

 

(3) 서산 재등록 시의 과세유형

서산시는 종목기준의 지역요건(서울특별시·광역시, 수도권의 열거 시 지역)에 해당하지 않으므로, 서산 소재 사업장에서 722000 업종은 종목기준 배제 대상이 아니며 간이과세 등록이 가능합니다(부가가치세법 제61조 제3항에 따라 등록 신청 시 간이과세 적용 여부를 함께 신고하며, 사업자등록신청서에 연간공급대가예상액을 기재하여 제출하면 간이과세적용신고서를 제출한 것으로 봅니다 — 같은 법 시행령 제109조 제4항). 다만 구글 플레이를 통한 앱 구독 매출은 거래 상대방과 대금 정산 구조에 따라 영세율 적용 및 매입세액 환급 문제가 별도로 검토될 수 있는 영역이고, 환급이 예상되는 구조라면 간이과세보다 일반과세가 유리할 수 있으므로, 매출 구조가 확정되는 시점에 과세유형의 유불리를 별도로 검토하시기 바랍니다.

마. 쟁점 5 — 폐업 신고 및 재등록 절차상 유의사항

첫째, 폐업 부가가치세 확정신고입니다. 부가가치세법 제5조 제3항에 따라 폐업일이 속하는 과세기간은 과세기간 개시일부터 폐업일까지이며, 간이과세자는 같은 법 제67조 제1항에 따라 폐업일이 속한 달의 다음 달 25일까지 확정신고를 하여야 합니다. 예컨대 2026년 8월 중 폐업하는 경우 2026년 9월 25일까지 신고 기한이 도래합니다. 매출·매입이 없더라도 무실적 신고를 기한 내에 이행하는 것이 원칙이며, 홈택스 폐업신고 시 부가가치세 확정신고를 함께 처리할 수 있습니다.

 

둘째, 재등록 시점과 창업일의 관계입니다. 감면기간(최초 소득 발생 과세연도부터 5년)의 기산과 창업 요건 판단은 모두 재등록에 따른 사업 개시일을 기준으로 하게 되므로, 폐업과 재등록 사이의 간격, 재등록 시 업종코드(722000), 사업장 주소(쟁점 3에서 권고드린 대로 실제 활동 장소)를 일관되게 정리해 두시기 바랍니다. 폐업 직후 곧바로 재등록하는 것 자체를 금지하는 규정은 없으나, 시차가 지나치게 짧으면 "등록 정정의 우회"로 보일 여지가 있다는 점도 감안하시기 바랍니다.

 

셋째, 세액감면신청입니다. 법 제6조 제12항 및 시행령 제5조 제26항에 따라 감면을 받으려는 과세연도의 종합소득세 과세표준신고와 함께 세액감면신청서를 제출하여야 합니다. 감면 적용 후에도 각 과세연도 감면세액 합계 5억원 한도(법 제6조 제13항)를 신고 시점에 함께 점검하여야 하며, 100% 감면 과세연도는 최저한세 적용이 배제되지만(법 제132조 제2항 제4호 가목) 감면율이 75% 등으로 낮아지는 경우에는 최저한세 적용 여부를 별도로 검토하여야 합니다.

 

넷째, 사전답변 신청의 활용입니다. 쟁점 1의 장소 상이 문제와 쟁점 3의 실질과세 리스크가 결합된 사안이므로, 재등록 전에 국세청 사전답변 제도를 통해 본 사안의 구체적 사실관계(등록 정정 이력 포함)를 적시하여 창업 해당 여부에 대한 회신을 받아두면 사후 분쟁 위험을 크게 줄일 수 있습니다. 사실관계를 축소·누락하고 받은 회신은 기속력이 없다는 점에 유의하여 정정 이력까지 있는 그대로 기재하는 것이 중요합니다.

바. 쟁점 6 — 비상주 사무실 상태에서의 "실제 사업활동" 입증

감면의 사후검증에서 확인되는 것은 결국 "그 장소에서 그 사업이 실제로 수행되었는가"입니다. 앱 개발업의 특성을 감안할 때 다음과 같은 자료를 사업 개시 시점부터 체계적으로 축적해 두시기 바랍니다.

• 활동 장소의 실재성: 사업장(권고안대로라면 서산 주거지)에서의 개발 작업 환경 — 개발 장비의 소재, 작업 공간 사진, 해당 주소지의 통신·전기 사용 내역, 상주·출입 기록
• 개발 활동의 연속성: 소스코드 저장소(Git 등)의 커밋 기록과 접속 IP, 개발 도구·클라우드 서비스 이용 로그, 테스트 기기 구입 내역
• 사업의 대외적 표시: 구글 플레이 개발자 계정의 사업자 정보·주소, 앱 등록·심사 이력, 이용약관과 개인정보처리방침상 사업장 표시, 세금계산서·현금영수증 수취 주소
• 거래·수익의 귀속: 구글 정산 내역과 사업용 계좌의 연결, 사업 관련 비용 지출의 장소적 정합성(서산 인근 지출 내역 등)

비상주 사무실을 사업장으로 두는 경우 위 자료들이 사무실 주소와 연결되지 않는다는 구조적 약점이 있으므로, 비상주 사무실을 유지하더라도 실제 활동 장소가 같은 시(서산) 내에 있고 그 활동을 위 자료로 입증할 수 있어야 합니다. 반대로 개발 활동이 수도권(근무지 등)에서 이루어진 흔적 — 예컨대 커밋 접속 기록이 상시 수도권 IP인 경우 — 이 누적되면 등록상 주소와 무관하게 실질 사업장이 수도권으로 인정될 수 있음을 유념하시기 바랍니다.

5. 결론

첫째, 매출·매입·설비투자·고용이 전혀 없는 사실상 사업 미개시 상태에서 폐업 후 재등록하는 경우, 사전-2023-법규소득-0346, 사전-2022-법규소득-0582 및 사전-2024-법규소득-1018의 논리에 따라 재등록 시점의 사업 개시를 조세특례제한법 제6조 제1항의 창업으로 인정받을 가능성이 높습니다. 재등록 장소가 종전과 다르다는 사정은 법문상 창업 배제 요건이 아니므로 결론을 좌우하지 않는다고 해석되나, 이를 명시적으로 다룬 예규는 확인되지 않고 예규 자체도 창업 해당 여부를 사실판단 사항으로 유보하고 있으므로, 사전답변 신청으로 확정하는 것이 안전합니다.

 

둘째, 창업으로 인정되면 창업지는 서산(수도권 외), 대표자는 청년 요건을 충족하므로 100분의 100 감면율이 적용되고(해당 과세연도는 최저한세 적용도 배제), 종전 등록의 별내동 이전 이력은 새 창업에 승계되지 않습니다. 다만 과세관청이 전체 경위를 연속된 하나의 사업으로 재구성하면 시행령 제5조 제25항에 따라 별내동 창업으로 간주되어 감면율이 75%로 하향되며, 서산 복귀로도 회복되지 않는다는 하방 리스크가 있습니다.

 

셋째, 서초 → 별내 → 서산으로 이어진 단기간의 이전 추진 이력은 국세기본법 제14조 실질과세원칙상 형식적 주소 이전으로 평가될 정황이 될 수 있는 만큼, 재등록 사업장은 비상주 사무실이 아니라 실제 개발 활동이 이루어지는 서산 주거지로 하여 등록과 실질을 일치시키고, 사업 개시 시점부터 활동 입증자료를 축적하는 것이 감면 유지의 관건입니다.

 

넷째, 별내동 소재 642004·722000이 간이과세 배제 대상이라는 판단은 타당합니다(인용 근거는 고시 종목기준 조항과 별표 1로, 고시 번호는 원문 대조 후 정정 필요). 매출이 없으므로 폐업 전 별도 조치는 불필요하며, 간이과세자 지위에서 폐업일이 속한 달의 다음 달 25일까지 무실적 확정신고만 기한 내 이행하면 됩니다. 서산 재등록 시에는 간이과세 등록이 가능하나, 앱 마켓 매출 구조에 따른 과세유형의 유불리는 별도 검토가 필요합니다.

※ 블로그글 면책규정

본 글은 작성일 현재 시행 중인 세법령과 공개된 예규·심판례를 기초로 한 일반적인 해석과 분석으로, 특정 사안에 대한 세무 자문이 아닙니다. 조세특례제한법(법률 제21612호) 제6조·제132조, 부가가치세법(법률 제21065호) 제5조·제8조·제10조·제61조·제67조 및 같은 법 시행령(대통령령 제36133호) 제109조는 법령 원문 파일을 직접 확인하였으며, 조세특례제한법 시행령 제5조, 국세기본법 제14조, 수도권정비계획법 시행령 별표 1, 간이과세 배제기준 고시 및 인용 예규는 국가법령정보센터 등 공개 자료를 통해 확인하였습니다. 개별 사안의 적용 결과는 구체적 사실관계와 향후 법령 개정, 과세관청의 해석에 따라 달라질 수 있으므로, 실제 의사결정 전에는 반드시 세무 전문가와 상담하시기 바랍니다.