간이과세자에서 일반과세자 전환 시 기존 매입 부가세 공제 문의

1. 질문

2026년 5월에 간이과세자로 개업했습니다. 현재까지 매출은 없고 실제 매출은 2027년 3월 이후부터 발생할 예정입니다. 지금은 사업 준비 단계라 월세, 제품 용기 및 포장재, 판매 예정인 일부 상품, 사업장 시설공사, 장비 구입 등 매입만 계속 발생하고 있으며, 올해 중 일반과세자로 전환하려고 합니다.

궁금한 점은 다음과 같습니다.
첫째, 일반과세 전환 전에 간이과세자 상태에서 수취한 세금계산서의 부가가치세는 모두 간이과세 기준으로만 처리되는지, 아니면 전환 시점에 보유하고 있는 재고상품·사업용 시설 및 장비 등은 재고매입세액 등의 방법으로 추가 공제가 가능한지 궁금합니다.
둘째, 반대로 개업 후 사업 목적으로 지출하고 세금계산서를 수취했더라도 일반과세 전환 후 공제받을 수 없는 항목에는 어떤 것들이 있는지 알고 싶습니다.
셋째, 매출은 내년부터 발생하지만 앞으로도 매입이 계속 예정되어 있는 상황이라면 지금 바로 일반과세자로 전환하는 것이 유리한지 조언 부탁드립니다.

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2. 사실관계 요약 및 쟁점들

가. 사실관계 요약

• 2026년 5월 개인사업자로 사업자등록을 하면서 간이과세자로 개업하였습니다.
• 개업일부터 현재까지 과세매출이 전혀 없습니다.
• 실제 매출은 2027년 3월 이후 발생할 예정이며, 그때까지는 계속 사업 준비 단계입니다.
• 준비 단계에서 발생한 매입은 사업장 월세, 제품 용기 및 포장재, 판매 예정 상품, 사업장 시설공사, 장비 구입 등이며, 상당 부분에 대해 세금계산서를 수취하였습니다.
• 2026년 중 일반과세자로 전환하고자 합니다.

나. 쟁점들

가) 쟁점 1: 간이과세자로 있는 동안 수취한 세금계산서상 부가가치세는 어떻게 처리되며, 매출이 없는 현 상태에서 실질적 세액 효과가 있는지

나) 쟁점 2: 일반과세자 전환 시점에 보유 중인 상품·포장재·시설공사·장비에 대하여 재고매입세액 공제가 가능한지, 그 대상과 계산방법 및 신고절차는 어떻게 되는지

다) 쟁점 3: 전환 후에도 매입세액으로 공제받을 수 없는 항목은 무엇인지

라) 쟁점 4: 지금 즉시 간이과세를 포기하여 일반과세자로 전환하는 것이 유리한지, 그에 따른 3년간 간이과세 재적용 제한은 어떻게 작용하는지

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3. 쟁점별 관련 법령

가. 쟁점 1 관련 — 간이과세자의 매입세액 취급

부가가치세법 제63조(간이과세자의 과세표준과 세액) 제3항 제1호
간이과세자가 다른 사업자로부터 세금계산서등을 발급받아 매입처별 세금계산서합계표 또는 신용카드매출전표등 수령명세서를 제출하는 경우에는, 해당 과세기간에 세금계산서등을 발급받은 재화와 용역의 공급대가에 0.5퍼센트를 곱한 금액을 납부세액에서 공제합니다. 다만 부가가치세법 제39조에 따라 공제되지 아니하는 매입세액은 제외합니다.

부가가치세법 제63조 제6항
간이과세자의 경우 제3항·제4항 및 제46조 제1항에 따라 공제하는 금액의 합계액이 각 과세기간의 납부세액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분은 없는 것으로 봅니다.

부가가치세법 제69조(간이과세자에 대한 납부의무의 면제) 제1항
간이과세자의 해당 과세기간에 대한 공급대가의 합계액이 4천800만원 미만이면 제63조 제2항에 따른 납부의무를 면제합니다.

부가가치세법 제36조(영수증 등) 제1항 제2호 나목, 제36조의2 제2항
신규로 사업을 시작하는 개인사업자로서 제61조 제4항에 따라 간이과세자로 하는 최초의 과세기간 중에 있는 자는 세금계산서를 발급하는 대신 영수증을 발급하여야 하며, 그 적용기간은 사업 개시일부터 사업을 시작한 해의 다음 해 6월 30일까지입니다.

나. 쟁점 2 관련 — 재고매입세액 공제

부가가치세법 제44조(일반과세자로 변경 시 재고품등에 대한 매입세액 공제특례)
① 간이과세자가 일반과세자로 변경되면 그 변경 당시의 재고품, 건설 중인 자산 및 감가상각자산에 대하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 매입세액으로 공제할 수 있습니다.
② 재고품등의 범위, 그 적용시기 등 필요한 사항은 대통령령으로 정합니다.

부가가치세법 시행령 제86조(일반과세자로 변경 시 재고품등에 대한 매입세액 공제 특례)
① 법 제44조 제1항에 따라 간이과세자가 일반과세자로 변경되는 경우에는 그 변경되는 날 현재에 있는 다음 각 호의 재고품, 건설 중인 자산 및 감가상각자산(법 제38조부터 제43조까지의 규정에 따른 매입세액 공제 대상인 것만 해당)에 대하여 일반과세 전환 시의 재고품등 신고서를 작성하여 그 변경되는 날의 직전 과세기간에 대한 신고와 함께 각 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 합니다.
　1. 상품
　2. 제품(반제품 및 재공품 포함)
　3. 재료(부재료 포함)
　4. 건설 중인 자산
　5. 감가상각자산(건물 또는 구축물의 경우에는 취득·건설 또는 신축 후 10년 이내의 것, 그 밖의 감가상각자산의 경우에는 취득 또는 제작 후 2년 이내의 것으로 한정)
② 재고품등의 금액은 장부 또는 세금계산서에 의하여 확인되는 해당 재고품등의 취득가액(부가가치세 포함)으로 합니다.
③ 신고한 자에 대해서는 각 호의 방법에 따라 계산한 금액을 재고매입세액으로 공제하며, 이 경우 제3호와 제4호에 따른 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제66조 제2항 후단 및 같은 조 제5항을 준용합니다.
⑥ 신고를 받은 관할 세무서장은 공제할 수 있는 재고금액을 조사하여 승인하고, 신고기한이 지난 후 1개월 이내에 공제될 재고매입세액을 통지하여야 하며, 그 기한 이내에 통지하지 아니하면 사업자가 신고한 재고금액을 승인한 것으로 봅니다.
⑦ 결정된 재고매입세액은 그 승인을 받은 날이 속하는 예정신고기간 또는 과세기간의 매출세액에서 공제합니다.

부가가치세법 시행령 제66조 제2항 후단 및 제5항
경과된 과세기간의 수는 부가가치세법 제5조에 따른 과세기간 단위로 계산하며, 과세기간의 개시일 후에 감가상각자산을 취득한 경우에는 그 과세기간의 개시일에 해당 재화를 취득한 것으로 봅니다.

부가가치세법 제5조(과세기간) 제1항 제1호, 제2항, 제5항
간이과세자의 과세기간은 1월 1일부터 12월 31일까지이고, 신규로 사업을 시작하는 자의 최초 과세기간은 사업 개시일(사업개시일 이전 등록신청 시 그 신청일)부터 그 날이 속하는 과세기간의 종료일까지입니다. 간이과세자가 제70조에 따라 간이과세자에 관한 규정의 적용을 포기함으로써 일반과세자로 되는 경우, ① 포기신고일이 속하는 과세기간의 개시일부터 그 신고일이 속하는 달의 마지막 날까지의 기간은 간이과세자의 과세기간으로, ② 신고일이 속하는 달의 다음 달 1일부터 그 날이 속하는 과세기간의 종료일까지의 기간은 일반과세자의 과세기간으로 하여 각각 하나의 과세기간으로 합니다.

부가가치세법 제67조 제1항
간이과세자는 과세기간의 과세표준과 납부세액을 그 과세기간이 끝난 후 25일 이내에 확정신고하고 납부하여야 합니다.

부가가치세법 제46조 제3항
사업자가 대통령령으로 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 부가가치세액이 별도로 구분되는 신용카드매출전표등을 발급받은 경우로서 수령명세서 제출·보관 등의 요건을 모두 충족하는 경우 그 부가가치세액은 제38조 제1항 또는 제63조 제3항에 따라 공제할 수 있는 매입세액으로 봅니다. 다만 간이과세자가 제36조의2에 따라 영수증을 발급하여야 하는 기간에 발급한 신용카드매출전표등은 제외됩니다.

다. 쟁점 3 관련 — 공제하지 아니하는 매입세액

부가가치세법 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) 제1항
　1호. 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니하였거나, 제출한 합계표의 거래처별 등록번호 또는 공급가액이 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액
　2호. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우, 또는 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액
　4호. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액
　5호. 개별소비세법 제1조 제2항 제3호에 따른 자동차(운수업, 자동차판매업 등 직접 영업으로 사용되는 것은 제외)의 구입과 임차 및 유지에 관한 매입세액
　6호. 기업업무추진비 및 이와 유사한 비용의 지출에 관련된 매입세액
　7호. 면세사업등에 관련된 매입세액과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액
　8호. 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액. 다만, 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우 등록신청일부터 그 공급시기가 속하는 과세기간 기산일까지 역산한 기간 내의 것은 제외합니다.

부가가치세법 시행령 제77조·제79조·제80조
사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위는 소득세법 시행령 제78조 또는 법인세법 시행령 제48조·제49조 제3항·제50조에 따르며, 기업업무추진비는 소득세법 제35조 및 법인세법 제25조에 따른 것을 말하고, 토지 관련 매입세액은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 말합니다.

라. 쟁점 4 관련 — 간이과세의 포기 및 재적용, 환급

부가가치세법 제70조(간이과세의 포기 및 재적용)
① 간이과세자가 간이과세자에 관한 규정의 적용을 포기하고 일반과세자에 관한 규정을 적용받으려는 경우에는 적용받으려는 달의 전달의 마지막 날까지 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 합니다.
③ 신고한 개인사업자는 일반과세자에 관한 규정을 적용받으려는 달의 1일부터 3년이 되는 날이 속하는 과세기간까지는 간이과세자에 관한 규정을 적용받지 못합니다.
④ 제3항에도 불구하고 직전 연도의 공급대가의 합계액이 4천8백만원 이상 제61조 제1항에 따른 금액 미만인 개인사업자 등 대통령령으로 정하는 개인사업자는 제3항에 따른 과세기간 이전이라도 간이과세자에 관한 규정을 적용받을 수 있습니다(2023년 12월 31일 신설).
⑤ 제4항에 따라 적용받으려는 개인사업자는 적용받으려는 과세기간 개시 10일 전까지 신고하여야 합니다.

부가가치세법 시행령 제116조 제1항·제3항·제4항
간이과세를 포기하려는 자는 간이과세포기신고서를 관할 세무서장에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출 포함)하여야 하며, 법 제70조 제4항에 따라 간이과세자에 관한 규정을 다시 적용받을 수 있는 자는 신고를 한 날이 속하는 연도의 직전 연도 공급대가의 합계액이 4천8백만원 이상 1억4백만원 미만인 개인사업자로서 간이과세자에 관한 규정의 적용을 포기할 당시 법 제36조 제1항 제2호 가목 또는 나목에 해당하였던 자로 한정합니다.

부가가치세법 시행령 제109조 제1항
법 제61조 제1항 본문 및 제62조 제1항에서 대통령령으로 정하는 금액이란 1억4백만원을 말합니다.

부가가치세법 제62조 제2항
신규로 사업을 개시한 사업자의 경우 간이과세자에 관한 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 기간은 최초로 사업을 개시한 해의 다음 해의 7월 1일부터 그 다음 해의 6월 30일까지로 합니다.

부가가치세법 제59조(환급) 및 시행령 제107조
납세지 관할 세무서장은 각 과세기간별 환급세액을 확정신고기한이 지난 후 30일 이내에 환급하여야 하며, 사업자가 대통령령으로 정하는 사업 설비를 신설·취득·확장 또는 증축하는 경우 등에는 조기환급이 가능합니다. 이때 사업 설비란 소득세법 시행령 제62조 및 법인세법 시행령 제24조에 따른 감가상각자산을 말하며, 조기환급기간(예정신고기간 중 또는 과세기간 최종 3개월 중 매월 또는 매 2월)이 끝난 날부터 25일 이내에 신고하면 신고기한 경과 후 15일 이내에 환급받을 수 있습니다.

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4. 세무분석

가. 간이과세자 기간 중 수취한 세금계산서의 매입세액은 사실상 사장(死藏)됩니다

일반과세자는 매입세액 전액을 매출세액에서 공제하고, 매입세액이 매출세액을 초과하면 그 초과분을 환급받습니다. 반면 간이과세자는 구조 자체가 다릅니다.

부가가치세법 제63조 제3항 제1호는 간이과세자가 세금계산서등을 발급받은 경우 그 공급대가에 0.5퍼센트를 곱한 금액을 납부세액에서 공제하도록 규정합니다. 부담한 부가가치세 10퍼센트를 공제받는 것이 아니라, 공급대가의 0.5퍼센트라는 별도의 세액공제를 받을 뿐입니다.

여기에 더해 같은 조 제6항은 그 공제금액의 합계액이 각 과세기간의 납부세액을 초과하는 경우 그 초과하는 부분은 없는 것으로 본다고 규정합니다. 질의하신 분은 현재 매출이 전혀 없으므로 납부세액이 0원이고, 따라서 0.5퍼센트 공제조차 실질적으로 아무런 효과를 내지 못합니다. 간이과세자에게 환급이라는 개념이 존재하지 않는 이유가 여기에 있습니다.

정리하면, 간이과세자로 있는 동안 수취한 세금계산서의 매입세액은 그 자체로는 아무 것도 되돌려 받지 못합니다. 이를 구제하는 유일한 장치가 다음에서 살펴볼 재고매입세액 공제입니다.

나. 간이과세의 포기와 과세기간의 분할

질의하신 분은 2026년 5월에 신규 개업하였으므로, 부가가치세법 제62조 제2항에 따라 과세유형이 자동으로 판정되는 시기는 2027년 7월 1일입니다. 그런데 그 판정 기준인 2026년 공급대가가 0원이므로 2027년 7월 1일에도 간이과세자로 남게 되고, 2027년 공급대가가 1억4백만원 이상이 되어야 비로소 2028년 7월 1일부터 일반과세자로 전환됩니다.

따라서 자동 전환을 기다리는 선택지는 사실상 존재하지 않으며, 부가가치세법 제70조 제1항에 따른 간이과세 포기신고만이 방법입니다. 적용받으려는 달의 전달 마지막 날까지 간이과세포기신고서를 제출(홈택스 전자제출 가능)하면 그 다음 달 1일부터 일반과세자가 됩니다.

이때 부가가치세법 제5조 제5항에 따라 그 해의 과세기간이 둘로 나뉩니다. 예를 들어 2026년 9월 30일까지 포기신고를 하면 다음과 같습니다. 

구분	기간	확정신고기한
간이과세자 과세기간	사업개시일 ~ 2026. 9. 30.	2026. 10. 25.
일반과세자 과세기간	2026. 10. 1. ~ 2026. 12. 31.	2027. 1. 25.

전환일은 2026년 10월 1일이며, 재고매입세액 공제의 기준시점도 이날 현재 보유 자산입니다.

다. 재고매입세액 공제의 대상 — 무엇이 되고 무엇이 안 되는가

부가가치세법 제44조 및 같은 법 시행령 제86조 제1항에 따라 공제대상이 되는 것은 전환되는 날 현재 존재하는 다음 자산으로, 그중에서도 부가가치세법 제38조부터 제43조까지의 규정에 따른 매입세액 공제 대상인 것에 한정됩니다.

 

가) 상품·제품·재료

판매 예정으로 매입해 둔 상품, 그리고 아직 사용하지 않고 남아 있는 제품 용기와 포장재는 각각 시행령 제86조 제1항 제1호(상품) 및 제3호(재료, 부재료 포함)에 해당하여 공제대상입니다. 다만 이미 사용·소비된 포장재는 전환일 현재 존재하지 않으므로 대상에서 제외됩니다.

 

나) 건설 중인 자산

전환일 현재 사업장 시설공사가 아직 완료되지 않았다면 제4호의 건설 중인 자산에 해당합니다. 후술하는 바와 같이 경과 기간에 따른 감액 없이 산정된다는 점에서 상대적으로 유리합니다.

 

다) 감가상각자산

시설공사가 완료되어 자산으로 계상되었거나 장비를 구입한 경우 제5호의 감가상각자산에 해당합니다. 다만 보유기간 요건이 있습니다. 건물 또는 구축물은 취득·건설 또는 신축 후 10년 이내, 그 밖의 감가상각자산은 취득 또는 제작 후 2년 이내의 것으로 한정됩니다.

여기서 실무상 판단이 필요한 부분이 있습니다. 임차 사업장에 시행한 인테리어 공사나 시설장치를 구축물로 볼 것인지, 그 밖의 감가상각자산으로 볼 것인지에 따라 보유기간 요건(10년 대 2년)과 후술할 감액률(10퍼센트 대 50퍼센트)이 크게 달라집니다. 통상 임차인이 임차건물에 설치한 시설장치는 그 밖의 감가상각자산으로 취급되나, 공사 내역과 자산 성격에 따라 달리 볼 여지가 있으므로 개별 검토가 필요합니다.

 

라) 대상에서 제외되는 것 — 월세와 각종 용역

사업장 월세, 전기·통신요금, 이미 제공받아 소비가 완료된 각종 용역은 전환일 현재 재고품·건설 중인 자산·감가상각자산 어디에도 해당하지 않습니다. 따라서 간이과세자 기간 중에 지출한 월세의 부가가치세는 재고매입세액으로도 공제받을 수 없고 영구히 회수 불가능합니다. 다만 일반과세자로 전환된 이후에 발생하는 월세는 당연히 정상적으로 매입세액 공제가 가능합니다.

 

마) 증빙의 종류 — 세금계산서와 신용카드매출전표

부가가치세법 제46조 제3항에 따라 부가가치세액이 별도로 구분되는 신용카드매출전표등을 수취하고 수령명세서 제출·보관 요건을 충족한 경우 그 세액은 제38조 제1항에 따라 공제할 수 있는 매입세액으로 보므로, 재고매입세액 공제 대상 판단에서도 세금계산서 수취분과 같은 선상에서 검토할 수 있습니다. 다만 같은 항 제3호에 따라 공급자가 영수증 발급 대상 간이과세자(연 공급대가 4,800만원 미만 등)인 기간에 발급한 신용카드매출전표는 매입세액 공제 자체가 배제되므로, 거래처의 과세유형도 함께 확인해 두어야 합니다. 아울러 시행령 제86조 제2항이 재고금액 확인 수단으로 장부 또는 세금계산서를 규정하고 있으므로, 신용카드 수취분은 장부에 의한 소명이 가능하도록 정리해 두는 것이 안전합니다.

라. 재고매입세액의 계산 — 전환 시기가 공제액을 좌우합니다

부가가치세법 시행령 제86조 제3항 각 호의 계산방법은 다음과 같습니다. 국세청이 발간한 부가가치세법 집행기준 44-86-4도 같은 내용을 정리하고 있습니다.

구분	계산식
재고품(상품·제품·재료)	재고금액 × 10/110 × (1 − 0.5% × 110/10)
건설 중인 자산	관련 공제대상 매입세액 × (1 − 0.5% × 110/10)
매입한 건물·구축물	취득가액 × [1 − 10/100 × 경과된 과세기간의 수] × 10/110 × (1 − 0.5% × 110/10)
매입한 그 밖의 감가상각자산	취득가액 × [1 − 50/100 × 경과된 과세기간의 수] × 10/110 × (1 − 0.5% × 110/10)
직접 제작·건설·신축한 건물·구축물	공제대상 매입세액 × [1 − 10/100 × 경과된 과세기간의 수] × (1 − 0.5% × 110/10)
직접 제작·건설·신축한 그 밖의 감가상각자산	공제대상 매입세액 × [1 − 50/100 × 경과된 과세기간의 수] × (1 − 0.5% × 110/10)

여기서 (1 − 0.5% × 110/10) = 1 − 0.055 = 0.945입니다. 간이과세자로서 이미 0.5퍼센트 공제를 받을 수 있었던 부분을 차감한다는 취지이며, 결과적으로 부담한 부가가치세의 94.5퍼센트를 회수할 수 있는 구조입니다.

핵심은 경과된 과세기간의 수입니다. 시행령 제86조 제3항 후단은 이에 관하여 시행령 제66조 제2항 후단 및 제5항을 준용하도록 하고 있습니다. 즉 경과된 과세기간의 수는 부가가치세법 제5조에 따른 과세기간 단위로 계산하고, 과세기간 개시일 후에 취득한 자산은 그 과세기간의 개시일에 취득한 것으로 봅니다.

 

간이과세자의 과세기간은 1년 단위입니다. 따라서 2026년 중에 취득한 자산에 대하여 2026년 중에 전환하면 취득한 과세기간과 전환 직전 과세기간이 동일하여 경과된 과세기간의 수가 0이 되고, 감액 없이 94.5퍼센트를 공제받습니다. 그러나 전환이 늦어질수록 그 밖의 감가상각자산은 과세기간마다 50퍼센트씩 깎입니다.

구체적인 예로 2026년에 3,300만원(부가가치세 300만원 포함)에 취득한 장비를 보겠습니다.

전환시기	경과된 과세기간수	재고매입세액
2026년 중	0	3,300만원 × 10/110 × 0.945 = 2,835,000원
2027년 중	1	3,300만원 × 0.5 × 10/110 × 0.945 = 1,417,500원
2028년 중	2	감액률 100퍼센트 적용으로 0원

즉 전환을 1년 미루면 장비 관련 회수세액이 절반으로, 2년 미루면 전액 사라집니다. 여기에 더해 "취득 또는 제작 후 2년 이내" 요건까지 겹치므로 2028년에는 대상 자산 자체에서 탈락할 가능성이 높습니다.

한편 건설 중인 자산은 계산식에 경과된 과세기간에 따른 감액 항목이 없습니다. 전환일 현재 공사가 진행 중이라면 관련 공제대상 매입세액의 94.5퍼센트를 그대로 공제받게 됩니다.

종합 사례로 2026년 중 전환을 가정하고 전환일 현재 보유 자산을 다음과 같이 상정해 보겠습니다.

자산	취득가액 (부가세 포함)	재고매입세액
상품·미사용 포장재 재고	1,100만원	1,100만원 × 10/110 × 0.945 = 945,000원
건설 중인 시설공사(관련 매입세액 500만원)	—	500만원 × 0.945 = 4,725,000원
장비	3,300만원	2,835,000원
합계		8,505,000원

여기에 전환일 이후 발생하는 매입세액 전액 공제·환급이 더해지므로, 투자 규모가 클수록 전환의 현금흐름 효과는 커집니다.

마. 신고절차와 공제시기

시행령 제86조 제1항은 일반과세 전환 시의 재고품등 신고서를 작성하여 변경되는 날의 직전 과세기간에 대한 신고와 함께 관할 세무서장에게 신고(국세정보통신망에 의한 신고 포함)하도록 규정합니다. 2026년 9월 30일까지 포기신고를 하는 예를 기준으로 전체 일정을 정리하면 다음과 같습니다.

시점	절차
2026. 9. 30.까지	간이과세포기신고서 제출
2026. 10. 1.	일반과세자 전환. 이날 현재 재고·자산 실사
2026. 10. 25.까지	간이과세자 확정신고 + 일반과세 전환 시의 재고품등 신고서 제출
신고기한 후 1개월 이내	세무서장의 재고금액 승인·통지(미통지 시 신고금액 승인 간주)
2027. 1. 25.까지	일반과세자 확정신고 — 승인된 재고매입세액 공제, 매출세액이 없으므로 환급 발생

승인된 재고매입세액은 그 승인을 받은 날이 속하는 예정신고기간 또는 과세기간의 매출세액에서 공제하며(시행령 제86조 제7항), 매출세액이 없으므로 그대로 환급세액이 됩니다.

신고를 누락한 경우에도 구제 여지가 있습니다. 부가가치세법 집행기준 44-86-3 제3항은 재고매입세액 신고를 하지 아니한 사업자가 경정청구하는 경우, 관할 세무서장이 장부 또는 세금계산서 등에 의하거나 재고조사 등을 통해 확인할 수 있는 때에는 재고매입세액 공제가 가능하다는 취지로 정하고 있습니다. 다만 이는 사후적 구제수단이므로 기한 내 신고를 원칙으로 삼아야 합니다.

간이과세 포기에 따른 전환도 대상입니다. 부가가치세법 제44조는 "간이과세자가 일반과세자로 변경되면"이라고만 규정하고 있어 문언상 매출액 기준 자동전환에 한정되지 않으며, 집행기준 44-86-1도 "과세유형이 전환되는 경우"로 표현하고 있습니다. 국세청 질의회신 서삼46015-10052(2003. 1. 10.) 역시 간이과세 포기신고를 하고 재고품 등을 신고하여 승인을 얻은 경우 그 재고금액에 대한 재고매입세액을 매출세액에서 공제한다는 취지로 회신한 바 있습니다. 다만 이는 전부개정 이전 구 부가가치세법 당시의 회신이므로 현행 법령 체계에 맞추어 이해할 필요가 있습니다.

바. 전환 후에도 공제받을 수 없는 항목

가) 재고매입세액의 성격상 제외되는 것

전환일 이전에 이미 사용·소비가 완료된 재화와 용역은 재고품등이 아니므로 대상이 아닙니다. 월세, 공과금, 이미 사용한 포장재, 각종 서비스 용역 대가가 여기에 해당합니다.

 

나) 부가가치세법 제39조 제1항의 법정 불공제 항목

시행령 제86조 제1항은 재고매입세액 공제대상을 "법 제38조부터 제43조까지의 규정에 따른 매입세액 공제 대상인 것만"으로 한정합니다. 따라서 애초에 부가가치세법 제39조 제1항에 따라 불공제되는 매입세액은 재고매입세액으로도 공제받을 수 없습니다.

• 세금계산서를 발급받지 아니하였거나 필요적 기재사항이 누락·오기된 경우(제2호)
• 매입처별 세금계산서합계표 미제출 또는 부실기재(제1호)
• 사업과 직접 관련이 없는 지출(제4호)
• 개별소비세 과세대상 자동차의 구입·임차·유지에 관한 매입세액(제5호)
• 기업업무추진비 관련 매입세액(제6호)
• 면세사업등 관련 매입세액 및 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액(제7호)
• 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액(제8호)

다) 사업자등록 전 매입세액에 관한 실무상 유의점

제8호 단서에 따라 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우에는, 등록신청일부터 그 공급시기가 속하는 과세기간 기산일까지 역산한 기간 내의 것은 공제가 가능합니다. 2026년 5월에 등록하였으므로 그 이전 준비 단계 지출이 있다면 이 단서의 적용 여부를 확인할 실익이 있습니다.

 

라) 흔히 혼동되는 항목의 정리

실무 상담에서 급여, 퇴직금, 4대 보험료, 대출이자, 국외에서의 지출 등을 "매입세액 불공제 항목"으로 열거하는 경우를 자주 봅니다. 그러나 이들은 부가가치세법 제39조 제1항의 열거 항목이 아닙니다. 애초에 부가가치세 과세대상 거래가 아니거나 면세거래여서 매입세액이라는 것 자체가 존재하지 않는 것이지, 존재하는 매입세액을 법이 공제하지 못하게 막는 것이 아닙니다. 결과적으로 공제를 못 받는다는 점은 같지만, 논리 구조가 다르므로 세금계산서 관리 실무에서는 구분해서 이해하는 편이 정확합니다.

또한 토지 관련 매입세액은 시행령 제80조에 따라 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지·택지 조성, 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우의 철거비용, 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액을 말합니다. 임차 사업장의 인테리어 공사는 이에 해당하지 않습니다.

사. 즉시 전환의 유불리 판단

가) 즉시 전환이 유리한 이유

첫째, 전환일 이후 발생하는 모든 매입세액을 전액 공제받습니다. 매출이 2027년 3월 이후 발생하므로 그때까지의 과세기간은 매출세액이 0원이고, 매입세액 전액이 환급세액이 됩니다.

둘째, 전환일 현재 보유 자산에 대해 경과된 과세기간의 수 0을 적용받아 재고매입세액을 감액 없이 94.5퍼센트 공제받습니다. 이 기회는 해가 바뀌면 절반으로 줄어들고, 2년이 지나면 사라집니다.

셋째, 사업 설비(감가상각자산)를 신설·취득·확장 또는 증축하는 경우 부가가치세법 제59조 제2항 제2호 및 시행령 제107조에 따라 조기환급을 신청할 수 있습니다. 조기환급기간이 끝난 날부터 25일 이내에 건물 등 감가상각자산 취득명세서를 첨부하여 신고하면 신고기한 경과 후 15일 이내에 환급받게 되므로, 자금 회수 시점을 크게 앞당길 수 있습니다. 다만 재고매입세액은 세무서장의 승인 절차를 거치므로 조기환급 대상 판단과 시기가 어긋날 수 있어, 전환 후 신규 취득분과 재고매입세액을 구분하여 신고 전략을 세울 필요가 있습니다.

넷째, 일반과세자가 되면 세금계산서 발급이 가능해집니다. 질의하신 분은 현재 부가가치세법 제36조 제1항 제2호 나목에 해당하는 신규 개인사업자로서 영수증 발급 대상이므로 세금계산서를 발급할 수 없습니다. 거래처가 사업자인 경우 이는 영업상 제약이 됩니다.

 

나) 즉시 전환의 부담

첫째, 2027년 3월 이후 매출에 대해 10퍼센트를 거래징수하여 납부하여야 합니다. 간이과세자였다면 업종별 부가가치율을 곱한 낮은 세액만 부담하고, 공급대가가 4천800만원 미만이면 부가가치세법 제69조 제1항에 따라 납부의무 자체가 면제될 수 있었습니다.

둘째, 부가가치세법 제70조 제3항에 따라 일반과세자에 관한 규정을 적용받으려는 달의 1일부터 3년이 되는 날이 속하는 과세기간까지 간이과세자로 돌아갈 수 없습니다.

셋째, 신고 횟수와 장부·증빙 관리 부담이 늘어납니다.

 

다) 판단

시설공사와 장비 구입 등 고액 투자가 이미 이루어졌고 앞으로도 매입이 계속 예정되어 있으며, 매출은 상당 기간 후에 발생하는 구조라면 즉시 전환의 이익이 명백히 큽니다. 다만 향후 예상 매출 규모가 연 4천800만원에 미치지 못할 것으로 전망된다면, 간이과세자의 납부의무 면제 혜택을 3년간 포기하는 비용이 상대적으로 커질 수 있으므로 투자 규모와 매출 전망을 함께 놓고 비교해야 합니다.

아. 3년 재적용 제한과 그 예외 — 실무상 놓치기 쉬운 부분

간이과세를 포기하면 3년간 되돌아갈 수 없다는 원칙은 널리 알려져 있으나, 2023년 12월 31일 신설된 부가가치세법 제70조 제4항의 예외는 상대적으로 덜 알려져 있습니다.

같은 항 및 시행령 제116조 제3항에 따르면, 다음 두 요건을 모두 충족하는 개인사업자는 3년이 되는 과세기간 이전이라도 간이과세자에 관한 규정을 다시 적용받을 수 있습니다.

• 재적용 신고를 한 날이 속하는 연도의 직전 연도 공급대가의 합계액이 4천8백만원 이상 1억4백만원 미만일 것
• 간이과세자에 관한 규정의 적용을 포기할 당시 부가가치세법 제36조 제1항 제2호 가목 또는 나목에 해당하였던 자일 것

질의하신 분은 2026년 5월에 신규 개업한 개인사업자로서 부가가치세법 제36조 제1항 제2호 나목(신규로 사업을 시작하는 개인사업자로서 간이과세자로 하는 최초의 과세기간 중에 있는 자)에 해당하며, 제36조의2 제2항에 따라 그 기간은 2027년 6월 30일까지 계속됩니다. 따라서 2026년 중에 간이과세를 포기하는 경우 두 번째 요건은 충족합니다.

다만 첫 번째 요건이 남습니다. 2026년 공급대가가 0원이므로 2027년에는 재적용이 불가능하고, 2027년 공급대가가 4천8백만원 이상 1억4백만원 미만이 되는 경우 2028년 과세기간부터 재적용을 신청할 수 있습니다. 이 경우 적용받으려는 과세기간 개시 10일 전까지 간이과세재적용신고서를 제출하여야 합니다(부가가치세법 제70조 제5항, 시행령 제116조 제4항).

즉 3년간 완전히 잠기는 것은 아니며, 매출 규모에 따라 조기 복귀 경로가 열려 있습니다. 이 점은 전환 결정의 부담을 상당히 덜어 줍니다.

자. 실무상 유의사항

가) 증빙 관리

시행령 제86조 제2항은 재고품등의 금액을 "장부 또는 세금계산서에 의하여 확인되는 취득가액(부가가치세 포함)"으로 하도록 규정합니다. 일반과세자가 간이과세자로 변경되는 경우를 규정한 시행령 제112조 제2항과 달리 시가로 추산할 수 있다는 단서가 없습니다. 장부와 세금계산서로 확인되지 않으면 공제 자체가 어려워질 수 있으므로, 전환일 현재의 재고 실사와 자산 목록 작성, 세금계산서 및 신용카드매출전표 정리가 선행되어야 합니다.

 

나) 전환일 기준 실사

재고매입세액은 전환일 "현재" 존재하는 자산이 기준입니다. 전환일 시점의 상품·포장재 수량, 시설공사 진행 상태(완성 여부), 장비 목록을 사진과 문서로 남겨 두는 것이 승인 과정에서 유용합니다.

 

다) 자산 분류의 검토

시설공사를 건물·구축물로 볼지 그 밖의 감가상각자산으로 볼지, 그리고 전환일 현재 건설 중인 자산인지 완성된 감가상각자산인지에 따라 계산 결과가 달라집니다. 이 부분은 공사 계약 내용과 자산 성격에 따른 개별 판단 영역이며, 해석의 여지가 있으므로 신고 전 검토가 필요합니다.

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5. 결론

첫째, 간이과세자로 있는 동안 수취한 세금계산서의 부가가치세는 부가가치세법 제63조 제3항 제1호에 따라 공급대가의 0.5퍼센트만 납부세액에서 공제되고, 같은 조 제6항에 따라 납부세액을 초과하는 부분은 없는 것으로 봅니다. 매출이 0원인 현 상태에서는 아무런 실익이 없습니다.

 

둘째, 다만 부가가치세법 제44조 및 같은 법 시행령 제86조에 따라, 일반과세자로 전환되는 날 현재 보유하고 있는 상품, 아직 사용하지 않은 제품 용기 및 포장재, 건설 중인 시설공사, 취득 후 2년 이내의 장비 등에 대해서는 재고매입세액으로 추가 공제가 가능합니다. 공제율은 부담한 부가가치세의 94.5퍼센트 수준이며, 이는 간이과세 포기에 의한 전환에도 적용됩니다.

 

셋째, 반면 전환일 이전에 이미 사용·소비가 완료된 월세, 공과금, 각종 용역 대가는 재고품등에 해당하지 않아 영구적으로 회수할 수 없습니다. 또한 세금계산서 미수취·부실기재분, 사업 무관 지출, 개별소비세 과세대상 자동차 관련 지출, 기업업무추진비, 면세사업 및 토지 관련 매입세액, 사업자등록 신청 전 매입세액은 부가가치세법 제39조 제1항에 따라 재고매입세액으로도 공제받을 수 없습니다.

 

넷째, 전환 시기가 공제금액을 결정합니다. 2026년 중에 취득한 자산에 대해 2026년 중에 전환하면 경과된 과세기간의 수가 0이 되어 감액 없이 공제받지만, 2027년으로 넘어가면 건물·구축물 이외의 감가상각자산은 50퍼센트가 감액되고 2028년에는 전액 소멸합니다. 시설공사와 장비 구입 금액이 크고 매출이 아직 발생하지 않은 지금이 전환의 최적기입니다.

 

다섯째, 절차는 다음과 같습니다. 일반과세를 적용받으려는 달의 전달 마지막 날까지 간이과세포기신고서를 제출하고, 간이과세자로서의 마지막 확정신고(과세기간 종료 후 25일 이내)를 하면서 일반과세 전환 시의 재고품등 신고서를 함께 제출합니다. 승인된 재고매입세액은 승인일이 속하는 예정신고기간 또는 과세기간의 매출세액에서 공제되며, 매출세액이 없으므로 환급으로 이어집니다. 전환 후 취득하는 사업 설비에 대해서는 부가가치세법 제59조 제2항 제2호에 따른 조기환급을 활용하여 자금 회수 시점을 앞당길 수 있습니다.

 

여섯째, 간이과세 포기 시 3년간 재적용이 제한되지만(부가가치세법 제70조 제3항), 질의하신 분은 포기 당시 같은 법 제36조 제1항 제2호 나목에 해당하므로, 이후 직전 연도 공급대가가 4천8백만원 이상 1억4백만원 미만이 되는 해에는 3년 경과 전이라도 같은 조 제4항 및 시행령 제116조 제3항에 따라 간이과세 재적용을 신청할 수 있습니다. 이 예외 규정의 존재는 전환 결정의 위험을 상당히 낮춰 줍니다.

 

결론적으로, 지금 즉시 간이과세를 포기하고 일반과세자로 전환하되, 전환일 현재의 재고와 자산을 정확히 실사하여 재고품등 신고서를 기한 내에 제출하는 것이 이 사안에서 가장 합리적인 선택으로 판단됩니다.

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※ 블로그글 면책규정

본 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 작성된 것으로, 특정 납세자의 개별 사안에 대한 세무자문이 아닙니다.

세법은 자주 개정되므로 본 글 작성일 이후 법령이 변경되었을 수 있습니다. 실제 신고나 의사결정에 앞서 반드시 담당 세무대리인과 상담하시기 바라며, 본 글의 내용에 근거한 판단으로 발생한 결과에 대하여 작성자는 법적 책임을 지지 않습니다.