일시적 2주택 비과세 검토 및 대책

1. 질문

현재 서울내 A 아파트를 보유하고  B 아파트에 전세로 거주 중입니다. 거주 중인 B 아파트를 매입하여 갈아타기를 하려고 하는데, 이 경우 일시적 2주택자로서 받을 수 있는 세제 혜택과 주의사항은 무엇인가요?

특히 잔금 지급 시점과 종부세 영향이 궁금합니다.

---

2. 사실관계

• 기존 주택(A): 동대문구 소재, 2017년 6월 매입 (당시 조정대상지역). 현재 임대 중.
• 신규 주택(B): 성북구 소재, 현재 임차인으로 거주 중. 2026년 5월 계약 종료 예정.
• 특이사항: B 아파트 임대인은 갱신거절 상태이며, 해당 지역은 토지거래허가구역임. 2026년 5월 계약 후 6개월 뒤 잔금 검토 중.

---

3. 세무분석

(쟁점 1) A 아파트 양도세 비과세 거주 요건 적용 여부

• 관련법령: 소득세법 시행령 부칙 대통령령 제28293호 
• 분석: 조정대상지역 내 '2년 거주 요건'은 2017년 8월 3일 이후 취득하는 주택부터 적용됩니다.
  • 동대문구는 2016년 11월 3일부터 조정대상지역이었으나, A 아파트 취득일(2017년 6월)은 거주 요건 강화 시행일(2017. 8. 3.) 이전입니다.
  • 따라서 A 아파트는 실거주를 하지 않았더라도 2년 이상 보유만 했다면 일시적 2주택 특례를 통해 비과세 혜택을 받을 수 있습니다.
• 해석: B 취득일로부터 3년 이내에 A를 매도하면 비과세(12억 원까지)가 가능합니다.

(쟁점 2) 계약일과 잔금일 사이의 기간(6개월) 설정의 적정성

• 관련법령: 소득세법 제98조 (취득 및 양도시기)
• 분석: * 세법상 주택의 취득 시점은 '잔금 청산일'입니다. 2026년 5월에 계약서를 작성하고 11월에 잔금을 치른다면, 2주택 보유의 시작 시점은 11월이 됩니다.
  • 토지거래허가: 허가구역 내 주택 매수 시 '이용 의무'가 발생합니다. 통상 잔금일로부터 즉시 실거주가 원칙이나, 기존 임대차 계약 잔여 기간이 있는 경우 그 기간만큼 입주를 유예받을 수 있습니다.
• 대책: 이미 해당 주택에 전세로 거주 중이므로, 잔금 시점에 소유권만 이전받으면 즉시 실거주 요건을 충족하게 되어 토지거래허가상 문제가 발생할 여지가 거의 없습니다.

(쟁점 3) 6월 1일 기준 보유세(재산세·종부세) 향방

• 관련법령: 지방세법 제114조 (과세기준일), 종합부동산세법 제3조 (과세기준일) 
• 분석:  재산세와 종부세의 과세기준일은 매년 6월 1일입니다. 5월 9일 계약 후 잔금을 11월에 치르면, 2026년 6월 1일 당시 B 아파트의 법적 소유자는 여전히 '매도인'입니다.
  • 따라서 2026년도 B 아파트에 대한 보유세 전액은 매도인이 부담하게 되며, 귀하는 2027년부터 납무 의무가 발생합니다.
• 대책: 2027년부터는 '일시적 2주택 종부세 특례'를 신청하십시오. 3년의 처분 유예기간 동안 B를 보유해도 A에 대해 1세대 1주택자 공제(12억 원)와 보유 기간에 따른 세액공제(최대 80%)를 그대로 적용받을 수 있습니다.

---

4. 결론

2026년 5월 계약 후 6개월 뒤(11월) 잔금을 치르는 전략은 매우 유효합니다.

1. 2026년 보유세를 피할 수 있고,
2. A 아파트 처분 기한(잔금일로부터 3년)을 2029년 하반기까지 넉넉히 확보할 수 있기 때문입니다. 다만, 토지거래허가구역의 경우 실거주 목적이어야 하므로 잔금 시점에 세입자가 퇴거하거나 본인이 즉시 입주하는 형태를 갖추어야 함을 유의하시기 바랍니다.

---

※ 블로그글 면책규정 본 게시물은 일반적인 정보 제공을 목적으로 작성되었으며, 개별적인 사실관계에 따라 법적 판단이 달라질 수 있습니다. 실제 세무 신고 및 계약 시에는 반드시 전문가(세무사, 변호사)와 상담하시기 바랍니다. 본 필자는 위 내용에 근거한 결정에 대해 법적 책임을 지지 않습니다.