3주택에서 1채 팔고 남은 2주택, 일시적 2주택 비과세 될까?

1. 질문

저희 부부는 2016년 3월 A아파트를, 2018년 5월 B아파트를 취득해 2주택을 보유하고 있었습니다.

2024년 3월에 이사할 생각으로 C아파트를 사면서 잠시 3주택이 되었고, 2025년 6월 A아파트를 팔아 지금은 B와 C 두 채만 남아 있습니다.

 

주변에서 "지금은 두 채뿐이니 C를 산 날부터 3년 안에 B를 팔면 일시적 2주택으로 비과세된다"는 이야기를 들었고, 인터넷에서도 같은 내용의 국세청 질의회신을 보았습니다.

 

2026년 12월에 B아파트를 10억 원에 팔 계획입니다. B는 조정대상지역 밖에 있고, 8년 보유하면서 2년 이상 거주했습니다.

B아파트를 팔 때 양도소득세 비과세를 받을 수 있을까요?

 

📌 결론부터 말씀드리면

B아파트는 일시적 2주택 비과세를 받을 수 없습니다.

일시적 2주택 특례는 "국내에 1주택을 소유한 1세대가 신규 주택을 취득함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우"에만 적용되는데(소득세법 시행령 제155조제1항), 질문하신 분은 C를 취득할 당시 이미 2주택이었으므로 이 요건을 처음부터 충족하지 못합니다.

 

대법원이 2025년 2월 13일 이 유형을 명시적으로 비과세 대상에서 제외했습니다.

2주택 세대가 신규 주택을 취득해 3주택이 되었다가 1주택을 처분해 2주택이 된 경우에는 특례를 적용할 수 없다고 판단했습니다(대법원 2025. 2. 13. 선고 2024두55426 판결).

 

인터넷에서 보신 국세청 회신은 이 판결과 충돌하므로 근거로 삼기 어렵습니다.

종전 회신을 믿고 비과세 신고한 납세자의 신뢰보호 주장도 법원에서 받아들여지지 않았습니다.

2. 사실관계 요약 및 쟁점들

가. 사실관계 요약

시점	내용	보유 주택 수
2016년 3월	A아파트 취득	1주택
2018년 5월	B아파트 취득	2주택
2024년 3월	C아파트 취득	3주택
2025년 6월	A아파트 양도	2주택 (B, C)
2026년 12월	B아파트 양도 예정 (10억 원, 조정대상지역 밖, 8년 보유·2년 거주)	—

아래 분석은 이 사실관계를 전제로 하며, 주택을 취득·처분한 순서가 달라지면 결론도 달라집니다.

나. 쟁점

• 쟁점 ① 양도일 현재 2주택이면 일시적 2주택 특례를 받을 수 있는지
• 쟁점 ② 종전 국세청 회신을 믿고 비과세로 신고하면 보호받을 수 있는지
• 쟁점 ③ 이미 3주택을 거친 세대는 이제 어떻게 하는 것이 유리한지

3. 쟁점별 관련 법령

법령 원문이 궁금하지 않으시면 이 섹션은 건너뛰고 4. 세무분석부터 읽으셔도 됩니다.

가. 1세대1주택 비과세와 일시적 2주택 특례 (쟁점 ①)

1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택의 양도소득에는 양도소득세를 과세하지 않으며, 양도 당시 실지거래가액 합계액이 12억 원을 초과하는 고가주택은 제외합니다(소득세법 제89조 제1항 제3호가목).

 

1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하는 등으로 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택도 같습니다(소득세법 제89조 제1항 제3호 나목).

 

여기서 대통령령으로 정하는 요건은 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 그 보유기간이 2년 이상인 것이며, 취득 당시 조정대상지역에 있던 주택은 보유기간 중 거주기간도 2년 이상이어야 합니다(소득세법 시행령 제154조 제1항).

 

같은 법 제89조제1항제3호나목의 "대통령령으로 정하는 주택"은 시행령 제155조의 1세대1주택 특례에 해당하는 주택입니다(소득세법 시행령 제154조 제11항).

 

국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(종전의 주택)을 양도하기 전에 신규 주택을 취득함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우, 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 신규 주택을 취득한 날부터 다음 각 호의 구분에 따른 기간 이내에 종전의 주택을 양도하면 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용합니다(소득세법 시행령 제155조 제1항).

• 신규 주택의 취득일 현재 종전의 주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역에 있는 신규 주택을 취득하는 경우(조정대상지역 공고 이전에 신규 주택을 취득하거나 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우는 제외): 2년(소득세법 시행령 제155조 제1항 제1호)
• 그 밖의 경우: 3년(소득세법 시행령 제155조제1항제2호)

이 처분기한 구분은 2026년 9월 30일 개정으로 신설된 것이며, 적용시기는 아래 4. 바.에서 설명합니다.

나. 신의성실과 소급과세 금지 (쟁점 ②)

세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 않습니다(국세기본법 제18조 제3항).

다. 보유기간의 계산 (쟁점 ③)

1세대1주택 비과세의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 계산합니다(소득세법 시행령 제154조 제5항, 소득세법 제95조 제4항).

4. 세무분석

용어 풀이

• 일시적 2주택 특례: 1주택자가 이사 등을 위해 새 집을 먼저 산 경우, 정해진 기간 안에 기존 집을 팔면 1주택자처럼 비과세해 주는 제도입니다.
• 종전 주택 / 신규 주택: 원래 살던 집과 새로 산 집입니다. 이 사례에서는 B가 종전 주택, C가 신규 주택입니다.
• 질의회신(예규): 납세자의 질문에 국세청이 답한 해석입니다. 법률이 아니어서 법원을 구속하지 않습니다.

가. 먼저 유형별로 보겠습니다

유형	주택 변동	신규 주택 취득 당시	특례 적용
기본형	1주택 → 신규 취득 → 2주택	1주택	적용
질문하신 분 (3−1=2)	2주택 → 신규 취득 → 3주택 → 1채 처분 → 2주택	2주택	적용 불가 (대법원 2024두55426)
경유형	1주택 → 신규 취득 → 2주택 → 1채 더 취득 → 3주택 → 1채 처분 → 2주택	1주택	하급심은 적용 불가, 대법원 판단 없음

같은 "양도일 현재 2주택"이라도 신규 주택을 살 때 몇 채였는지에 따라 결론이 갈립니다.

나. 양도일에 2채만 남아도 특례가 안 되는 이유 (쟁점 ①)

조문은 특례의 주체를 "국내에 1주택을 소유한 1세대"로 정하고, 그 세대가 "신규 주택을 취득함으로써" 일시적으로 2주택이 된 경우라고 규정합니다(소득세법 시행령 제155조 제1항).

즉, 두 가지가 필요합니다. 신규 주택을 취득시, 1주택이어야 하고, 2주택이 된 원인이 신규 주택 취득이어야 합니다.

질문하신 분은 C를 살 때 이미 A·B 두 채가 있었고, 지금의 2주택 상태는 C를 사서가 아니라 A를 팔아서 생긴 것입니다.

대법원도 같은 구조의 사건에서 이 조문은 "일시적으로 2주택이 된 경우를 전제로 한 규정"이므로, 2주택 세대가 신규 주택을 취득해 3주택이 된 후 1주택을 처분해 2주택이 된 경우에는 특례를 적용할 수 없다고 판단했습니다(대법원 2025. 2. 13. 선고 2024두55426 판결).

 

이 사건은 부부가 2015년과 2017년에 두 채를 취득한 뒤 2019년에 세 번째 주택을 사고, 2021년 1월 첫 번째 주택을 처분한 다음 같은 해 11월 두 번째 주택을 판 사안으로, 질문하신 분과 구조가 같습니다.

 

대법원은 그 근거로, 조세법규는 비과세요건이라도 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석해야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석해서는 안 된다는 원칙을 들었습니다.

 

정리하면 판정은 두 시점에서 따로 합니다.

판정 시점	확인할 요건
신규 주택(C)을 취득할 때	1주택 세대였는지, 종전 주택 취득일부터 1년 이상 지났는지
종전 주택(B)을 양도할 때	처분기한 이내인지, 보유·거주요건을 갖추었는지

질문하신 분은 두 번째 줄의 요건은 모두 갖추었지만, 첫 번째 줄에서 이미 탈락합니다.

다. 인터넷에서 본 국세청 회신은 왜 믿으면 안 되나 (쟁점 ②)

국세청은 오랫동안 "일시적 2주택 해당 여부는 양도일 현재를 기준으로 판정한다"는 입장에서, 3주택 중 1채를 먼저 처분하고 남은 2주택이 요건을 갖추면 특례를 인정하는 회신을 해 왔습니다(부동산거래관리과-10, 2010. 1. 8.; 서면-2015-부동산-1967, 2015. 10. 30. 등).

 

2023년에도 3주택을 소유한 세대가 1주택을 별도세대에 증여한 후 남은 주택이 일시적 2주택이면 특례를 적용한다고 같은 취지로 회신했습니다(서면-2023-부동산-2276, 2023. 8. 10.).

 

이 회신들은 "양도일에 2채만 남았는지"만 보고 신규 주택 취득 당시의 주택 수는 묻지 않았다는 점에서 위 대법원 판결과 정면으로 충돌합니다.

 

그렇다면 오래된 회신을 믿고 비과세 신고한 경우 보호받을 수 있을까요?

 

세법 해석이 일반적으로 받아들여진 뒤에는 새로운 해석으로 소급과세하지 않는다는 규정이 있기는 합니다(국세기본법 제18조 제3항).

 

그러나 위 대법원 사건과 2025년 8월 20일 선고된 부산고등법원(울산) 2024누10849 판결 모두 납세자가 패소했고, 고등법원은 종전 질의회신이 사안을 달리하거나 쟁점을 드러내지 않은 질의에 대한 것이어서 정당한 신뢰를 부여하는 공적 견해표명으로 보기 어렵다고 판단했습니다.

 

판결이 과세관청에 유리한 결론이므로, 앞으로 세무서가 종전 회신을 근거로 비과세를 인정해 줄 가능성은 낮다고 보셔야 합니다.

라. 신규 주택을 살 때 1주택이었다면 안전할까 — 경유형 (쟁점 ①)

1주택 상태에서 신규 주택을 사 일시적 2주택이 된 뒤, 그 사이 세 번째 주택을 샀다가 처분하고 종전 주택을 파는 경우도 있습니다.

이 경우 신규 주택 취득 당시에는 1주택이었으므로 조문의 문언은 일단 충족합니다.

그런데 부산고등법원(울산)은 위 대법원 판결을 인용하면서, 중간에 3주택을 거쳤다가 1채를 처분해 2주택이 된 경우도 특례가 상정한 "1+1=2" 구조가 아니라며 특례를 부인했습니다(부산고등법원(울산) 2025. 8. 20. 선고 2024누10849 판결).

 

이 사건은 2018년 1월 첫 주택을 취득한 사람이 2019년 4월 두 번째 주택을 사 일시적 2주택이 되었고, 2020년 12월 세 번째 주택을 샀다가 2021년 5월 처분한 뒤 같은 해 10월 첫 주택을 양도한 사안입니다.

 

이 판단은 대법원 판결보다 범위를 넓힌 것이고 대법원의 판단은 아직 없지만, 실무에서는 세무서가 이 판결을 근거로 비과세를 부인할 가능성이 높다고 보고 대비하는 것이 안전합니다.

마. 이미 3주택을 거쳤다면 — 남은 선택지 (쟁점 ③)

B를 팔면 일반 과세됩니다. 다만 B를 판 뒤에는 C 한 채만 남으므로, C는 나중에 1세대1주택 비과세를 받을 수 있습니다(소득세법 시행령 제154조 제1항).

 

이때 C의 보유기간은 C를 취득한 날부터 계산합니다(소득세법 시행령 제154조제5항, 소득세법 제95조 제4항). 따라서 2026년 3월에 이미 2년이 지났고, C를 취득할 당시 조정대상지역이었다면 거주기간도 2년 이상 채워야 합니다.

 

결국 B와 C 중 한 채는 과세되고 나머지 한 채는 비과세 대상이 되는 구조이므로, 두 주택의 양도차익을 비교해 어느 쪽을 먼저 팔지 정하는 것이 핵심입니다.

 

양도차익이 작은 주택을 먼저 과세로 팔고, 양도차익이 큰 주택을 마지막 1주택으로 남겨 비과세를 받는 것이 일반적으로 유리합니다.

 

B를 과세로 팔 때 장기보유 특별공제는 1세대1주택 공제율이 아닌 일반 공제율이 적용된다는 점도 세액 비교에 반영하셔야 합니다(소득세법 제95조 제2항).

바. 참고 — 2026년 10월부터 조정대상지역 처분기한이 2년으로 짧아졌습니다

2026년 9월 30일 개정되어 2026년 10월 1일 시행된 소득세법 시행령(대통령령 제36737호)은, 신규 주택 취득일 현재 종전 주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역의 신규 주택을 취득한 경우 종전 주택 처분기한을 3년에서 2년으로 줄였습니다(소득세법 시행령 제155조 제1항 제1호, 부칙 제1조).

 

이 단축은 조정대상지역에 종전 주택을 보유한 1세대가 2026년 8월 4일 이후 조정대상지역의 신규 주택을 취득하고 시행일 이후 종전 주택을 양도하는 경우부터 적용되며, 2026년 8월 3일 이전에 신규 주택(취득할 수 있는 권리 포함)을 취득했거나 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증명서류로 확인되는 경우에는 종전 규정(3년)에 따릅니다(같은 영 부칙 제2조).

 

질문하신 분은 C를 2024년 3월에 취득했고 B가 조정대상지역 밖에 있으므로 이 개정과는 관계가 없지만, 새로 집을 사시는 분은 처분기한부터 확인하셔야 합니다.

사. 실무 관리 방법

1. 새 집을 사기 전에 지금 몇 채인지부터 확인하십시오. 일시적 2주택 특례는 신규 주택을 살 때 1주택이어야 합니다. 세대원 명의 주택과 분양권·조합원입주권도 함께 따져 보십시오.
2. 다주택이라면 새 집을 사기 전에 먼저 1주택으로 정리하십시오. 3주택이 된 뒤 1채를 파는 순서로는 특례를 받을 수 없습니다.
3. 주택별 취득일·양도일을 시간순으로 표로 만드십시오. 같은 2주택이라도 순서에 따라 결론이 달라집니다.
4. 오래된 질의회신을 근거로 비과세 신고하지 마십시오. 회신일과 사실관계가 판결과 충돌하는지 먼저 확인하십시오.
5. 이미 3주택을 거쳤다면 어느 집을 먼저 팔지 세액을 비교하십시오. 마지막에 남는 1채만 비과세가 가능합니다.
6. 과거에 종전 회신에 따라 비과세 신고했다면 세무대리인과 대응을 검토하십시오. 경정 가능성을 염두에 두고 소명 자료를 정리해 두는 것이 좋습니다.

5. 결론

일시적 2주택 특례는 1주택 세대가 신규 주택을 취득해 2주택이 된 경우에만 적용되며, 2주택 세대가 신규 주택을 취득해 3주택이 되었다가 1채를 처분해 만든 2주택에는 적용되지 않습니다(소득세법 시행령 제155조제1항, 대법원 2025. 2. 13. 선고 2024두55426 판결).

 

반면 다음과 같은 경우에는 기대하신 결과가 나오지 않습니다.

• 양도일에 2채만 남았으니 괜찮다고 생각한 경우 — 신규 주택을 살 때 이미 2주택이었다면 특례 대상이 아닙니다.
• 인터넷에서 찾은 국세청 회신을 근거로 비과세 신고한 경우 — 대법원 판결과 충돌하는 회신이어서 세무서가 받아들이기 어렵고, 신뢰보호 주장도 법원에서 배척되었습니다.
• 신규 주택을 살 때 1주택이었으니 그 뒤 3주택을 거쳐도 괜찮다고 생각한 경우 — 하급심은 이 경우도 특례를 부인했습니다(부산고등법원(울산) 2025. 8. 20. 선고 2024누10849 판결).
• 어느 집을 먼저 팔지 따지지 않고 계획대로 파는 경우 — 과세되는 집과 비과세되는 집의 양도차익에 따라 전체 세액이 크게 달라집니다.

이 사안에서 세무서가 보는 것은 "팔 때 몇 채였는가"만이 아니라 "새 집을 살 때 몇 채였는가"입니다. 새 집을 사기 전에 보유 주택 수를 먼저 정리하시고, 이미 3주택을 거쳤다면 양도 순서를 세무대리인과 함께 설계하시기 바랍니다.

※ 면책규정

본 글은 일반적인 세법 정보 제공을 목적으로 작성된 것으로, 특정 사안에 대한 세무 자문이 아닙니다. 실제 과세 여부는 개별 사실관계와 법령 개정, 과세관청의 해석에 따라 달라질 수 있으므로, 중요한 의사결정 전에는 반드시 전문가와 상담하시기 바랍니다. 본 글의 내용에 근거하여 발생한 결과에 대해 작성자는 책임을 지지 않습니다.